| Главная |
Анализ качества чтений Анализ проводился для файла Ath_tae_CTTGTA_L003_R1_009.fastq с чтением генома резуховидки. Контроль качества чтений был осуществлён с помощью программы FastQ: fastqc Ath_tae_CTTGTA_L003_R1_009.fastq Описание результатов анализа можно найти по ссылке. Очистка чтений Очистка чтений проводилась с помощью программы Trimmomatic.Была введена следующая команда: java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33 Ath_tae_CTTGTA_L003_R1_009.fastq out1.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7 TRAILING:20 MINLEN:50 Опция «-phred33» соответствует платформе для секвенирования Sanger / Illumina 1.9. Для удаления адаптеров была использована опция «ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7». Для удаления с концов ридов нуклеотидов с качеством ниже 20 была использована опция «TRAILING:20». Для удаления ридов длиной меньше 50 нуклеотидов была использована опция «MINLEN:50». Снов была произведён контроль качества чтений с помощью программы FastQ. Описание результатов анализа можно найти по ссылке. В итоге число ридов изменилось с 4000000 на 3888936. Изменился график Per base sequence quality: увеличилось среднее значение качества ридов. График Per base sequence content практически не изменился. Изменился график Sequence length distribution. До улучшения риды имели длину 101 п.о., а после 50-101. |
| Обо мне | |
| Семестры | |
| Ссылки | |