Поиск последовательности Шайна-Дальгарно
Из геномной таблицы получили информацию о координатах генов. Поиск проводили в области 19 нуклеотидов перед началом генов. В случае комплементарной цепи из полногеномной последовательности вырезали участок 19 нуклеотидов после кординаты конца, то есть координаты начала гена на комплементарной цепи. С помощью программы seqret (seqret @IDs.txt sequences.fasta) получили файл с последовательностями участков перед генами в fasta-формате: ссылка. Всего было получено 1661 последовательность. Для анализа выбрали последовательности перед первыми 200 генами (согласно порядку в геномной таблице). Полученное с помощью программы meme (команда: ememe sequences_200.fasta -mod zoops -minw 6 -maxw 7) лого можно увидеть на рис. 1. HTML-выдачу meme можно найти по ссылке
Выдача программы mast (команда emast meme.txt -dfile sequences_out_final.fasta mast.html) можно скачать по следующей ссылке. При пороге E-value 30 было найдено 50 сигналов во всех последовательностях.
