| Главная |
Поиск регуляторных мотивов В задании требовалось найти регуляторный мотив в промоторной области белков E. coli. Файл с этими последовательностями можно скачать по следующей ссылке. Были даны установленные экспериментально сайты связывания белка PurR. Результат работы программы MEME и его сравнение с экспериментальными данными представлен в файле. Cиним шрифтом выделены экспериментально установленные сайты связывания; курсивом - установленные программой MEME при запуске с параметром "1 мотив на последовательность” (One per sequence); жирным – с параметром “0 или 1 мотив на последовательность” (Zero or one per sequence). Минимальный и максимальный размер искомого мотива составляет 16 пар нуклеотидов. MEME c опцией zero or one per sequence предсказывает все экспериментальные сайты и не предсказывает ни одного сайта в последовательностях, для которых места связывания не установлены экспериментально. Во всех случаях, кроме одного, наблюдается полное совпадение мотивов. MEME c опцией one per sequence менее точно предсказывает экспериментальные сайты: границы полученных мотивов смещены на два нуклеотида относительно предсказанных экспериментально. Однако с этой опцией MEME предсказывает сайты, для которых не известно экспериментального подтверждения. PePPER (задание выполнено совместно с Марией Кузнецовой) PePPER - вебсервер для предсказания прокариотических промоторов и регулонов. На этом сервере используется новый подход, который включает в себя все методы анализа данных для поиска промоторов и регулонов в любом бактериальном геноме. Он позволяет определить предположительные регулоны, составить полные аннотации межгенных регионов любых бактерий на основе уже существующих знаний по родственным организмам. С помощью сервера PePPER можно искать прокариотические промоторы, мотивы в ДНК и сайты посадки транскрипционных факторов (этим трём возможностям соответствуют три режима работы сервера). В режиме поиска прокариотических промоторов нужно в одно поле ввести fasta-последовательность генома, а в другое - таблицу с названиями генов, координатами и указаниями цепи. В режиме поиска мотивов в межгенных промежутках нужно выбрать активный геном и затем сгенерировать PFM (Position Frequency Matrix) для этого генома на основе выравнивания. Также может производиться поиск по собственноручно заданной PFM. Поиск мотивов происходит с использованием алгоритма MOODS. В режиме поиска сайтов связывания транскрипционных факторов можно произвести поиск одного из уже имеющихся на сервере сайтов известных бактерий. Поиск можно производить либо в выбранном геноме (одном из уже имеющихся) либо самому ввести fasta-последовательность генома, в котором нужно найти сайт. |
| Обо мне | |
| Семестры | |
| Ссылки | |