| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
| # | Имена атомов | Длина связи (A) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(296GLN) – O(292ASP) | 2.89 | 166.2 |
| 2 | N(316GLN) – O(312ASP) | 2.77 | 158.8 |
| 3 | N(324PHE) – O(320LEU) | 3.13 | 160.1 |
| 4 | N(356ARG) – O(352THR) | 2.82 | 162.6 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(207TRP) – O(194MET) | 2.85 | 150.8 |
| 2 | N(308CYS) – O(171GLY) | 2.81 | 159.0 |
| 3 | N(331THR) – O(150GLU) | 3.00 | 168.3 |
| 4 | N(344ALA) – O(110ALA) | 2.80 | 150.1 |
| 5 | N(184PHE) – O(218GLY) | 2.90 | 159.5 |
В таблице приведены данные, полученные с помощью программы Jmol: длины и углы некоторых водородных связей.
Средняя длина водородной связи в рассмотренной альфа-спирали – 2,9 A, средний угол – 161,9° в бета-тяжах – 2,872 A и 157,54°.
Полученные значения близки к данным, которые обсуждались на семинаре и лекции по биоинформатике -
оптимальные значения длины составляют 2-3,5 A, а оптимальное значение угла близко к 180°.
© Наумова Юлия, 2018