Представленная структура является белком BACE1 (аспарагиновая протеаза) в комлексе с его ингибитором. В структуре присутсвует одна полимерная цепь, составляющая самостоятельную биологическую единицу.
Представленная ассиметрическая структура не отличается от биологической
Цепь, составляющая всю молекулу BACE1 (бета-секретаза 1) — белок относящийся к Homo sapiens(человек разумный).
Он отвечает за процессинг белка-предшественника бета-амилоида (APP). Расщепление с N-конца между остатками 671 и 672 приводит к образованию 2 фрагментов: растворимого внеклеточного и закрепленного на мембране C-концевого фрагмента. Расщепление последнего гамма-секретазой приводит к высвобождению бета-амилоида, накопление которого является причиной болезни Альцгеймера
Uniprot_id: P56817, название: BACE1_HUMAN. Относительно референса из Uniprot, представленная цепь имеет замену Lys-95 на Ala и Glu-97 на Ala. Цепь содержит ацетилированные Lys-126, Lys-275, Lys-279, Lys-285, Lys-299, Lys-300, Lys-307 и Фосфорилированный Ser-498
Известно, что предварительное расщепление APP альфа-секретазой, конкурирующей за субстрат с BACE1, предотвращает образование бета-амилоида и болезни Альцгеймера.
Изучение струткутры белка BACE1 позволяет найти для него ингибиторы, что является ключом к предотвращению развития болезни Альцгеймера.
Представленная структура содержит воду (HOH) и малую молекулу — лиганд, являющийся ингибитором BACE1.
Краткое название молекулы-лиганда — 4QD.
Полное название — 8-(3-((1-aminopropan-2-yl)oxy)benzyl)-4-(cyclohexylamino)-1-(3-fluorophenyl)-1,3,8-triazaspiro[4.5]dec-3-en-2-one.
Белковое окржение лиганда представлено как полярными (трионин, глутамин, тирозин), так и неполярными (лейцин, изолейцин, триптофан, фенилаланин) аминокислотными остатками.
