Практикум 5

Ферментативная активность

Белок BACE1 имеет номер EC 3.4.23.46 . BACE1 является аспарагиновой протеазой (спецефичной эндопептитазой), катализирующей расщепление APP на участке Glu-Val-Asn-Leu-|-Asp-Ala-Glu-Phe (между Leu-671 и Asp-672)

В двльнейшем это приводит к образованию Бета-амилоида, который является причиной развития болезни Альцгеймера.

Согласно PDB каталитический центр состоит из Asp-32 и Asp-228. Остатки находятся относительно близко друг к другу, но не напрямую не взаимодействуют, из-за ориентации радикалов.

”kat_center”
рис.1 Каталитический центр BACE1.

Аминокислотные остатки из каталитического центра имеют водородные связи с ближайшим окружением (до 5 ангстрем)

”site_contacts”
рис.2 Ближайшее окружение каталитического центра.

Между каталитическим центром и молекулой лиганда не было найдено водордных связей. Видимо лиганд проявляет ингибиторные свойства, потому что делает недоступным активный центр для другого субстрата.

”ligtokat”
рис.3 Лиганд относительно каталитического центра

Источники

  1. EC: 3.4.23.46 — запись в EXPAZY

  2. 4ZPF — запись в PDB