|
|
Ссылки на все выполненные практикумы находятся в меню слева.
Первый блок посвящен работе с филогенетическими деревьями.
В первом практикуме мы изучали основные понятия, связанные с филогенетическими деревьями.
Было построено дерево для некоторых видов протеобактерий по уже имеющемуся дереву.
Далее филогенетическое дерево для выбранных бактерий было построено по последовательностям
их белков - пептидил-тРНК гидролаз.
В третьем практикуме мы знакомились со способами укоренения деревьев и с понятием бутстрэп.
Наконец, мы строили дерево по последовательностям 16s рРНК и определяли группы паралогов
и ортологов.
Во втором блоке мы изучали функциональные классы белков.
Этот блок включал работу с базой метаболических путей KEGG (практикум 5), изучение мембранных
белков (на примере ромбоидной протеазы GlpG, практикум 6), определение геномного окружения
гена функционального белка, чтобы определить, входит ли он в какой-нибудь оперон (на примере одного из участников системы twin-arginine
translocation TatB, практикум 7) и работу с базой данных GO
(практикум 8).
Третий блок был посвящен поиску сигналов связывания белков с ДНК в геномах прокариот и эукариот.
Сначала мы изучали представленность сайтов систем рестрикции-модификации в геноме бактерии (в моем случае - Citrobacter koseri) и
в метагеноме этой же бактерии из кишечника человека. Затем я исследовала содержание последовательности Шайна-Дальгарно (сигнала для
инициации трансляции) в начале генов в бактерии Nostoc sp. Следующим заданием был анализ результатов ChIP-seq для некоторого
транскрипционного фактора в геноме человека. Наконец, мы определяли гены, перед которыми есть сигналы TATA-box для связывания TBP -
важного участника системы инициации транскрипции у эукариот (на примере генома человека).
Все описанные задания выложены на одной страничке.
В последнем четвертом блоке мы изучали эволюцию доменов.
С помощью базы данных Pfam я выбрала один из доменов - B_lectin - и две доменные архитектуры, в состав которых входит этот домен.
Также я выбрала два таксона - однодольные и двудольные растения, и на основании выравнивания доменов в белках, содержащих данные архитектуры, из
представителей данных таксонов я построила филогенетическое дерево.
Затем я взяла одну из клад построенного дерева, и построила для нее профиль HMM, позволяющий определять принадлежность разных последовательностей
подсемейству. По результатам поиска по всем белкам Uniprot, содержащим мой домен, с использованием профиля, была построена ROC-кривая и выбран порог.
Все описанные задания, опять же, выложены на одной страничке.
|