|
Ссылки на все выполненные практикумы находятся в меню слева.
Первый блок посвящен работе с пространственными структурами нуклеиновых кислот.
Мы использовали программу ChemSketch для создания изображений структурных формул компонентов нуклеиновых кислот (нуклеотидов,
комплементарных и некомплементарных пар азотистых оснований, участков цепей). Результаты работы представлены в
практикуме 1.
С помощью программы fiber пакета 3DNA мы моделировали структуры ДНК в A-, B- и Z-формах и изучали их параметры. Также в
практикуме 2 мы определяли некоторые параметры тРНК.
В третьем практикуме мы предсказывали структуру тРНК по ее последовательности с помощью
различных алгоритмов и изучали ДНК-белковые контакты в PDB-структуре ДНК-белкового комплекса.
Второй блок посвящен работе с последовательностями нуклеиновых кислот.
Сначала мы анализировали результаты, полученные при секвенировании по Сэнгеру (праткикум 6).
В следующем практикуме мы изучали банки нуклеотидных последовательностей.
Восьмой практикум посвящен изучению различных алгоритмов blast, а также использованию локальной
версии blast.
Также в этом блоке мы использовали пакет программ EMBOSS и строили нуклеотидный пангеном для
нескольких близкородственных бактерий с помощью программы NPGE (в 11 практикуме).
В третьем блоке мы предсказывали гены прокариот (с помощью сервера RAST) и
эукариот (с помощью сервера AUGUSTUS). Также мы работали с геномным браузером для отображения
экзон-интронной структуры гена человека.
Четвертый блок был посвящен ресеквенированию, поиску полиморфизмов у человека и сборке генома de novo.
В 13 практикуме мы сравнивали экзом некоторого человека с референсной последовательностю (сборкой
генома человека h19) и определяли полиморфизмы (SNP, делеции и вставки). Затем мы анализировали, к каким заболеваниям могут привести данные изменения.
В последнем практикуме мы использовали программу velvet для сборки генома человека de novo.
|