Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009

Подсказки

  1. Используя команды super, mset, mview,translate создайте анимационный ролик (mpeg или avi) где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание, что удобно сначала совместить белки размножить состояние на все фреймы а потом разнести их в первом фрейме.

    • Псевдокод: 

   1 load 1
   2 load 2
   3 super 
   4 mset 
   5 frame 1
   6 translate object=2
   7 zoom
   8 mview store for scene and objects
   9 frame x
  10 translate back object=2
  11 zoom
  12 mview store for scene and objects
  13 mview interpolate for scene and objects
  14 etc ... some rolling ?

  • Нередко сборка ролика может быть проблемой, это вызвано разной реализацией сборки в разных версиях PyMol. Универсальный путь это создать набор изображений в формате png. С помощью разных программ (VirtualDub и т.д.) собрать в ролик. Я на wiki выложил пример как это сделать в Linux.

  1. Задание простое. Сначала найдите подходящую аминокислоту для образования сложноэфирной связи. Щелкните CTRL+MiddleClick по атому в одной молекуле и тоже самое по атому в другой молекуле. SDF файл который вы скачали , возможно Вам не подойтет. При команде fuse PyMol может вылетить. Для решения этой проблемы, сохраните TAMRA как pdb файл с помошью PyMol. Откройте новое окно и внём выполните задание. Для выбора оптимальноого расположения метки используйте команду torsion 15 несколько раз. Также можно воспользоваться Sculpting.

  2. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот.
    • Узнайте значения углов phi, psi в альфа спиралях известных вам белков.

      Для понимания интеграции Python в !Pymol Вам будет полезно почитать статью Александра Грушина на kodomo-wiki. Псевдокод: 

   1 mset
   2 frag ala
   3 python 
   4 for x in range(1,25):
   5      cmd.edit(atom)
   6      editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
   7      cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
   8      cmd.torsion phi
   9      cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
  10      cmd.torsion psi
  11 python end
  1. * Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Используйте как стартовую пару пару в середине цепи.
    • Псевдокод: 

   1 fetch perfectdna
   2 create pair
   3 create nextpair 
   4 create 1, pair
   5 python
   6 cmd.pair_fit("pair","nextpair")
   7 trans=cmd.get_object_matrix("pair")
   8 for x in range(2,500):
   9     cmd.create x,x-1 
  10     cmd.transform_selection( str(x), trans, homogenous=0 );
  11 python end