Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009

Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя.

Начните просмотр результатов с изучения файла b_md.log

Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.

   1       gmx trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20

Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:

   1       gmx trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol

Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.

Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории.

   1        gmx traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg

В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трёх то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое.

   1        g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg

Постройте в зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.
Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому скачайте его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше): Для конца траектории:

   1        gmx  order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P

   1        gmx order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P

Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя.