2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Контрольная по узнаванию архитектур, укладок и структурных мортивов
Задание состоит в том, что в данных нескольких десятках PDB файлов необходимо найти примеры белков для каждого из перечисленных терминов, характеризующих архитектуру, укладку или структурный мотив.
Для подготовки можно использовать лекции (ААл, прошлые годы, там что-то описано) и google
Список терминов:
3х-альфа-спиральный узел |
|
|
Пучек альфа-спиралей |
helical bundle |
сколько спиралей в пучке, топология |
Спирализованные альфа-спиралм |
coiled coil |
сколько спиралей |
TIM-баррель |
TIM-barrel |
|
Альфа-бета подкова |
Horseshoes |
|
Укладка Россмана |
Rossmann fold |
|
Бета-баррель |
Beta-barrel |
|
Бета-пропеллер |
Beta-propellor |
число лопастей |
Бета-сэндвич |
Beta-sandwich |
|
Бета-призма |
Beta-prism |
I (тяжи параллельны боковым ребрам) или II (тяжи перпендикулярны боковым ребрам) |
Бета-спираль |
Beta-helix |
левая-правая, одно-двутяжевая, 2- или 3- спираль |
Коллагеноподобная тройная спираль |
Collagen |
|
Рулет |
Jelly-roll |
|
Греческий ключ |
Greek key |
|
Спираль-поворот-спираль |
Helix-Turn-Helix |
|
Бета-альфа-бета, правый |
Right handed beta-alpha-beta |
|
Интерлок |
Interlock |
|
Меандр |
Meandre |
|
Лейциновая молния |
Leucine zipper |
|
левосторонний бета-альфа-бета |
Left handed beta-alpha-beta |
|