2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Вопросы к коллоквиуму
Возможны незначительные изменения.
- Основные этапы определения структуры методом РСА.
- Что такое кристалл с точки зрения его электронной плотности?
- Что такое элементарная ячейка кристалла (кристаллографическая ячейка)?
- Что такое кристаллографическая симметрия?
- Что такое некристаллографическая симметрия (структуры в кристалле)?
- Условия Лауэ (на направления, в которых наблюдается дифракция на кристалле).
- Абсолютные и относительные координаты.
- Напишите формулу для синтеза Фурье электронной плотности кристалла и объясните смысл использованных обозначений.
Как связаны индексы рефлекса h, k, l и соответствующий им вектор рассеяния s?
Напишите формулу, выражающую зависимость одной гармоники Фурье от вектора r (из начала координат в данную точку).
- Разрешение гармоники Фурье.
- Дан набор измеренных в эксперименте модулей структурных факторов. Как определить разрешение структуры?
- В чём состоит фазовая проблема?
- Перечислите основные методы решения фазовой проблемы.
- Метод изоморфного замещения: какие дополнительные эксперименты требуется провести?
- Что требуется для применения метода аномального рассеяния?
- Суть метода молекулярного замещения.
- Комбинированный синтез Фурье (в методе молекулярного замещения).
- Что такое температурный фактор (B-фактор)?
- Что такое коэффициент заполнения атома и почему он не всегда равен 1?
- Перечислите основные показатели качества рентгеноструктурной модели.
- Как проводится оптимизация структуры? R-фактор.
Свободный R-фактор (Rfree): как считается, зачем нужен.
- Индикаторы качества модели в целом (перечислить; что отражают)
- Карта Рамачандрана и её использование для оценки качества модели.
- Как по модели и модулям структурных факторов вычисляется "экспериментальная" электронная плотность (для визуализации и оценки моделирования отдельных остатков)?
- Индикаторы маргинальных остатков в модели (перечислить, что отражают)
Пространственный R-фактор.
Как вычисляется Z-score пространственного R-фактора?
- Ротамеры боковых цепей (что такое, как используются)
- Комфортность окружения атома (в чем состоит, как используется)
- Молекулы воды в PDB файле (при каких условиях могут быть определены, как выявить ошибочно присутствующие в файле)
- Что такое ядерный магнитный резонанс (ЯМР) и как он может быть применён к исследованию структур молекул?
- Особенности записей PDB, полученных методом ЯМР.