Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009

Что нужно сдать для зачёта

  1. Зачетное задание (практикумы 3-4): анализ качества РСА расшифровки белка
  2. Зачётное задание (практикума 8): разбор статьи/темы, связанной с анализом 3D структур
  3. Продемонстрировать владение основными техническими средствами:
    1. строить "экспериментальную" электронную плотность в Pymol (практикум 1);
    2. восстанавливать кристалл, находить описание ячейки, группы симметрий, некристаллографические симметрии (практикум 2); получать биологические единицы (PDB)
    3. совмещать 3D структуры при заданном сопоставлении (Pymol) и без него (PDBeFold); искать по сходству структур в PDB - аналог BLAST, только по структурам (PDBeFold); использовать гибкое совмещение структур (fatcat, POSA, Flexprot) [будут упражнения];
    4. получать описание зоны контакта белков в структуре комплекса (protein-protein interaction server), находить полости и каверны в структуре белка (CASTp), находить гиброфобные ядра (CluD)[будут упражнения]
    5. определять общеизвестные архитектуры и структурные мотивы "на глаз" [будет контрольная], строить карту бета-листа (SheeP)
    6. пользоваться Pymol'ом

Как получить автомат за экзамен

  1. Получить зачет за семестр.
  2. Получить зачет с оценкой за коллоквиуму по РСА.
  3. Получить высокий балл за зачётное задание по анализу качества РСА структуры.
  4. Получить высокий балл за зачетное задание 2; в идеале - сделать хороший доклад.