Kodomo

Пользователь

Материалы к самостоятельной работе по аннотации участка генома

Перед началом работы проверьте свою квоту и, если она превышена, просто перенесите энное количество файлов в директорию E:\Public (а после окончания работы — обратно :).

Используйте подсказки к занятиям 5--7.

Чем больше вы успеете к концу занятия, тем выше будет оценка. Но не надо торопиться за счет снижения качества!

Подсказки

Используйте возможности EMBOSS. Команда

seqret sw:*_ABCDE

вытащит из банка Swiss-Prot и поместит в указанный вами файл последовательности всех белков, имеющих идентификаторы, заканчивающееся на ABCDE. Поскольку сенная палочка — хорошо изученный организм, практически весь её протеом помещён в Swiss-Prot. Вспомните, как устроены идентификаторы записей Swiss-Prot, описывающих её белки!

Для вырезания своего фрагмента используйте опцию -sask программы seqret. Для получения последовательностей трансляций открытых рамок используйте, как и в первом упражнении занятия 7, программу getorf. Если что-то забыли, запустите команду

getorf -help

и изучите, что означают значения, которые можно придавать параметрам find, table и minsize.

Если вам приятнее не сразу задавать значения параметров в командной строке, а отвечать на вопросы программы, можно запустить getorf с опцией -opt, тогда программа сама спросит о значениях всех параметров (это касается всех программ пакета EMBOSS).

Кстати, если кто не знает, похожий эффект в Word'е достигается сменой шрифта абзаца, который хочется превратить в подобного рода "картинку", на шрифт постоянной ширины, например "Courier New".