2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Переменные. Циклы.
Забегая вперёд:
sed -r s/текст/замена/g ищет пишет на стандартный вывод то, что пришло на стандартный ввод, заменив текст на замена.
tr A-Z a-z получает на стандартный ввод текст, и выводит его на стандартный вывод, заменив большие буквы на маленькие.
Полезные подсказки:
Почитайте man про watch, ps, killall
seqret file1 file2 читает выравнивание из file1 и пишет его же в file2, при этом seqret определяет формат файла исходя из расширения файла
var1=value1 var2=value2 cmd args запускает команду cmd args, при этом для неё выставляет в переменных среды, что var1=value1, а var2=value2, при этом эти замены никак не отражаются на внутренних и экспортируемых переменных среды.
(0.2 балла) переименуйте все файлы в директории заменив в имени все маленькие буквы на большие. Что делать, если файлы лежат в другой директории?
(0.2 балла) дана директория, содержащия много файлов в формате Stockholm (например, на kodomo, можно взять из /srv/databases/pfam/Alignments/pfam-[0-9]* или другого шаблона в этом духе; всего в этой директории лежит 11912 выравниваний из pfam, они к вам в домашнюю директорию не поместятся); сконвертируйте их все в формат fasta.
(0.2 балла) пока seqret конвертирует файлы, приостановите его, выясните, какой файл он конвертирует в данный момент, переименуйте этот файл во что-нибудь новое, и пустите seqret работать дальше; что произошло?
(0.2 балла) снова запустите seqret из позапрошлой задачи; пока seqret работает, сделайте себе средство отображения прогресса конвертации файлов в реалтайме. (В древнем unix не было прогресс-баров, однако народ запускал там долгие задачи и как-то умудрялся же отслеживать прогресс их выполнения?)
(0.2 балла) снова запустите seqret; пока он работает, попробуйте его убить; какие способы это сделать вы можете придумать? Что у вас из этого получилось? Почему?