Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Макромолекулярный докинг

Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой.

  1. Вся работа будет происходить на хосте 93.180.63.165 порт 22232 через терминал putty, пользователь fbbstudent

  2. Скопируем в рабочую директорию файлы amilase.pdb,camelid.pdb и uniCHARMM из http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/.

  3. Обратите внимание, что в файле amilase.pdb есть некоторые водороды. Давайте добавим водороды к обеим pdb исполльзуя pdb2gmx.
    • Пример: 

   1 pdb2gmx -f мой.pdb -o мой_h.pdb -p

  1. С помощью утилиты mark_sur проведём препроцессинг файлов pdb.

    • Пример: 

   1 mark_sur my.pdb my_m.pdb

  1. Постарайтесь разобраться в том, что делает утилита mark_sur, внесите ваше предположение в отчёт.

  2. Прочитайте информацию об использовании zdock просто запустив его.

Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER

Установлено, что:

1. замечательной программе zrank очень нужна пустая строка до начала записей об атомах.

2. полезно убрать именно вторую строчку из zdock.out для работы zrank.

  1. Запустите сам процесс докинга.
  2. Проведите предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank: 
       1 zrank zdock.out 1 2000
    • или 
       1 create.pl zdock.out
   2 ls complex*pdb >list
   3 zrank list
  3. Визуально сравните результаты с известной структурой 1kxt.

  4. Если Вас результат не устроил, попробуйте опцию -D программы zdock

  5. Попробуйте найти в ваших результатах структуру наиболее близкую к результату РСА. Используйте скрипт на bash с использованием g_rms.