Задание по пространственному совмещению

Скачайте домен 1a4i_A2-126 (надо скачать с сайта PDB этот файл и отдельно сохранить соответствующий фрагмент). Осуществите поиск в PDB его структурных гомологов (используйте в качестве запроса созданный вами файл координатами указанного фрагмента - выбрать пункт Coordinate file в качестве запроса). Внесите в протокол ответы на вопросы:

1. Какой RMSD и какая длина выравнивания у наилучшей находки?

2. Найдена ли сама структура? (Да, если для какой-то находки RMSD=0 и 100% белка попало в выравнивание.) Если нет, то объясните, почему. (Прим. Обсудите смысл параметров, которые можно задавать на стартовой странице программы.)

Осуществите поиск его структурных гомологов в SCOP 1.73. Отличаются ли полученные результаты? Если да, то почему.

Найдите еще один домен с такими же результатами поиска (найден/не_найден в PDB, найден/не_найден в SCOP). Сохраните PDB совмещением двух белков - использованного в качестве запроса и лучшей, но не идентичной находки (RMSD > 0). (Прим. Правый клик на номере слева в списке находок, дальше - view superposed, в Jmol правым кликом мыши выбрать контекстное меню, дальше выбрать пункт Veiw _ssm_viewer_file1. В зависимости от настроек браузера вам может быть будет предложено сохранить этот файл. Это tar-архив с совмещением. Но бывает так, что вместо того, чтобы сохранить его на диск, браузер отображает содержимое этого файла. Тогда надо стереть в адресной строке называние файла (оставить только путь к нему), отобразить содержимое директории и уже оттуда сохранять файл. Ну, вот такой способ.) Файл с совмещением назовите Name_super.pdb и положите его рядом с файлом Name_skills.docx.

Результаты опишите в файле Name_skills.docx.