2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 13: Контакты в структуре белка
Перед вами поставлены следующие задачи:
- найти примеры разных взаимодействий между боковыми группами а.о. в заданной структуре;
- получить картинки, иллюстрируюшие выбранные контакты; см. часть I;
- описать контакты белка с лигандом;
- получить изображение контактов,
- написать скрипт для его воспроизведения, см. часть II;.
Создайте директорию Н:\Term1\Block3\Practices\Practice14, а в ней – файлы протокола, aacontacts.html и ligand.html. HTML-странички делайте на основе ранее созданного шаблона.
При выполнении работы пользуйтесь подсказками.
Примеры разных контактов в молекуле белка xxxx_Bacsu.
Пример гидрофобного контакта
Можно исследовать контакты остатков фенилаланина (или лейцина).
Определите гидрофобные контакты боковых групп всех остатков фениаланинов, см. подсказки . Выберите остаток фениаланина с наибольшим числом гидрофобных контактов и создайте картинку, на которой выбранный остаток фенилаланина представлен в шарнирной модели, в подписи указан № остатка, контактирующие с ним а.о представлены в проволочной модели, а их непосредственно контактирующие атомы в виде шариков среднего размера, все атомы раскрашены по химическим элементам.
Примеры водородных связей между боковыми группами
По аналогичной схеме найдите два примера водородных связей между боковыми группами двух а.о., в первом примере и донором и акцептором водорода являются атомы кислорода, во втором — и донором и акцептором являются атомы азота.
Создайте картинки, где оба а.о представлены в шарнирной модели, для каждого остатка указано его название и №, а также показано расстояние между донором и акцептором.
Пример дисульфидного мостика
Откройте в RasMol файл со структурой инсулина (PDBID 1zni).
С помощью команды ssbonds <толщина линии> получите изображение дисульфидных мостиков в инсулине. Если все получилось, проверьте, нет ли дисульфидных мостиков в вашем белке. Если такие связи есть, создайте картинку, аналогичную уже созданным.
Описание контактов белка с лигандом.
Возможно, что в заданной структуре есть несколько малых молекул. Интереснее всего исследовать лиганд, имеющий отношение к функции белка.
При выборе лиганда посоветуйтесь с преподавателем!
Определите, какие атомы белка находятся на расстоянии не более, чем на 5.0 Å от атомов лиганда. Представьте такие атомы белка в виде небольших шариков с раскраской по химическим элементам. Выберите наиболее важные, на ваш взгляд, контакты, удерживающие лиганд в структуре. Опишите их в таблице следующего вида.
Таблица. Контакты <имя лиганда> с белком <имя белка>.
Имя атома контакта |
Имя контактирующего атома белка |
Расстояние в Å |
Предположительная природа контакта |
С8 3010 (С8 атом молекулы гипоксантина) |
Leu105A.CG |
4.25 |
Гидрофобное взаимодействие? |
- Создайте изображение, где лиганд представлен в виде толстой проволочной модели, а контактирующие с ними атомы елка - в шариковой модели и с подписями. В подписи укажите № остатка и имя атома. Атомы нужно раскрасить по химическим элементам. Покажите самое маленькое (на ваш взгляд) расстояние между атомами лиганда и атомами белка.
- Создайте скрипт ligand.spt, воспроизводяший такую картинку.
- Будет отлично, если вы сделаете немного более сложную картинку: лиганд – в шарнирной модели, контактирующие атомы по-прежнему в шариковой, и в тонкой проволочной модели представлены аминокислотные остатки, к которым эти атомы относятся, подписаны названия остатков.