2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 12: карта Рамачандрана
Создайте директорию Н:\Term1\Block3\Practices\Practice11, а в ней – файл протокола, файл ramachandran.html. HTML-страничку делайте на основе ранее созданного шаблона.
Определите торсионные углы φ, ψ и ω у десятого аминокислотного остатка заданного вам белка
Прочитайте в подсказках, как определять углы φ, ψ и ω в полипептидной цепи.
Скопируйте в протокол таблицу (см. подсказки) и внесите в нее описание нужных атомов.
Проведите измерения углов и занесите результаты в таблицу.
Таблица. Измерение торсионных углов остатка Xxx10 в белке XXXX_BACSU, цепь А
Название двугранного угла |
Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках – название атома) |
Данный угол описывает поворот вокруг связи |
Результат измерения с помощью RasMol |
φ |
1. SER9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А) |
Ni - Calphai |
|
ψ |
|
|
|
ω |
|
|
|
Получите изображение, иллюстрирующее определение угла φ
На картинке должно быть следующее
- на белом фоне изображены 4 атома, координаты которых были использованы при вычислении угла φ
- фрагмент отображен в шарнирной модели (наложение шириковой модели, например, размера 120 и проволочной модели размера 40)
- есть подписи, содержащие название остатка, номер позиции и имя атома,
2-й и 3-й атомы должны быть спроецированы в одну точку так, чтобы получившийся угол был равен торсионному углу,
- атомы раскрашены в соответствие со стандартной раскраской по атомам.
Сохраните изображение в графическом файле. Вставьте картинку в протокол. Сделайте к ней поясняющую подпись (см. подсказки). Пример:
Дополнительно: создайте скрипт, позволяющий получить изображение из упр.2. Скопируйте в рабочую директорию данного занятия скрипт, созданный на прошлом занятии. Сохраните его под именем exercise12.spt. Добавьте в конец скрипта команды
restrict none pause
Затем добавьте команды, нужные для получения картинки.
Постройте карты Рамачандрана для следующих множеств аминокислотных остатков
- все остатки заданного белка;
- все остатки пролина заданного белка (это необязательное упражнение);
- все остатки глицина заданного белка;
- все остатки в альфа-спиралях;
- все остатки в бета-листах.
Совет. Если Вы строите карты с помощью Excel, то имеет смысл все их построить на одном листе рабочей книги и в одном стиле. Более того, данные, полученные с помощью RasMol можно представить всего на 2-х диаграммах: на первой – данные для множеств а), b) и с), при этом каждое множество точек выделить своим цветом, на второй – данные для множеств a), d) и e).
Полученные картинки скопируйте в протокол и прокомментируйте. Все наблюдения занесите в протокол.