2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Геномные браузеры
Ваша задача – ознакомиться с возможностями веб-сервисов, называемых "геномными браузерами" и описать свои впечатления в отчёте. Задание творческое, подробных инструкций не ждите!
1. EnsEMBL
Портал EnsEMBL (читается "ансамбль", от французского слова "ensemble" отличается написанием, намекающим на банк EMBL) расположен по адресу http://www.ensembl.org и предназначен для визуализации известной информации о геномах человека и животных.
Для начала поищите информацию о гене человека, который вы описывали на занятии по EMBL (задания 2 и 3). Рекомендуется начать с поиска последовательности участка гена (например, одного из экзонов) в человеческом геноме сервисом "BLAST/BLAT" (гиперссылка вверху заглавной страницы). Опишите, что вы поняли на странице результата (можно описать и то, что осталось непонятным, несмотря на старания понять).
Далее пройдите по гиперссылке "Contig view", обозначенной маленькой буквой "C" левее первой находки (в таблице находок внизу страницы). Откроется страница "Region in detail", посвящённая участку человеческого генома. Опишите, какую информацию можно получить с этой страницы, какие возможности визуализации она предоставляет и т.д.
"Побродите" ещё по порталу, опишите, что вам удалось узнать о его возможностях. Например, можете попытаться найти ген по его названию.
Чем более информативным будет ваше описание, тем лучше. Оцениваться будет прежде всего проявление стремления освоить новый сервис, а также ясность изложения информации.
2. Другие геномные браузеры
Ознакомьтесь ещё с каким-нибудь геномным браузером. Ссылки на три других браузера имеются в EnsEMBL'е на странице, посвящённой участку генома, в меню слева. В отчёте опишите свои впечатления. Желательно сравнение с EnsEMBL (например, сравните визуализацию информации о каком-либо участке хромосомы или информацию о каком-либо конкретном гене).