2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Алгоритмы биоинформатики
Требуемые знания по вопросам, входящим в билеты (кроме 17 и 18), более или менее покрываются презентацией. "На пятёрку" по многим вопросам надо будет знать подробности, которые в презентации явно не написаны. В любом случае просто выписать формулу недостаточно, надо понимать смысл всех входящих в формулу обозначений.
Подробности по большинству вопросов есть в книге Дурбина с соавт.
По проблеме малой сложности см. статьи:
По алгоритму DUST: http://www.kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_10/ppt/DUST.pdf
По алгоритму SEG: http://www.kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_10/ppt/SEG-96.pdf
По корректировке матрицы замен: http://www.pnas.org/content/100/26/15688.full
Из этих статей, разумеется, нужно учить не всё, а лишь постановку задачи и описания алгоритмов.
По вопросам 17 и 18 (о методе Монте-Карло и о множественном тестировании) см. презентации А.Фаворова:
Презентация о методе Монте-Карло.
Презентация о P-value и множественном тестировании.
Ведомость
Напоминаю домашнее задание: на тех же данных, на которых вы реализовывали алгоритм Витерби, реализовать алгоритм "вперёд-назад". Счииая предсказанием состояния то состояние, которое получило наибольшую вероятность, посчитать процент правильных предсказаний. Прошу назвать файл (xls или xlsx) с формулами и результатами своим логином и положить в директорию H:\Term6\HMM\FB к утру 20 мая.
22 мая – официальный зачёт, который будет состоять утром – в написании контрольной по теоретическим вопросам (список тем см. ниже), после обеда – в досдаче долгов.
Кстати, тех, кто не проявлял активности на журнальном клубе, я на зачёте могу попросить рассказать про какую-нибудь из "чужих" статей.
Статьи для журнального клуба (для просмотра этой страницы необходимо залогиниться)
Список тем для итоговой контрольной 22 мая
В контрольной будет 18 вопросов и по нескольку вариантов ответов на каждый. Нужно будет обвести правильные, по вашему мнению, варианты ответов. За каждый правильно обведённый вариант даётся одно очко, за неправильно обведённый – снимается два очка. Отсутствие выбранного варианта никак не штрафуется. Для зачёта необходимо набрать 7 очков.