2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров"
Новые варианты лекций вместе с исходной разметкой в LaTex можно посмотреть тут: http://vsb.fbb.msu.ru/rhodecode/mm_course_lectures
Правила сдачи зачёта
Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что к этому моменту студенты будут знакомы с материалом. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий. Итак:
- Начиная с 3его занятия штраф за не сделанную вовремя работу 0.667.
- 3 и 4ый практикум можно сдать без штрафа до 12 марта.
- Если сумма баллов за практикумы менее 0.5 от максимальной, то студент получает дополнительный вопрос на зачёте.
- На зачёт предполагается две пары (т.е. два раза по 1.5 часа), очередность сдачи зачёта соответствует сумме балов за практикум (хуже баллы дальше очередь).
Можно запускать ipython notebook на kodomo и иметь доступ через браузер:
Для оптимального предоставления отчетности предлагаю использовать ipython notebook, для удаленной работы в котором на kodomo надо:
в Putty:
/home/preps/golovin/progs/bin/ipython.bash
затем в браузере: kodomo.cmm.msu.ru:432XX где 432XX цифры из консоли
Жду рациональных предложений по улучшению курса.
Результаты практической работы
Результаты доступны в виде google таблицы. Из таблицы видно как оцениваются задания.
1. Знакомство с Pymol
13 февраля 2015, А.В.Головин. [задания] [презентация]
2. Работа Pymol
20 февраля 2015, А.В.Головин. [задания] [подсказки]
3. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
27 февраля 2015, А.В.Головин. [задания]
4. Abinitio вычисления для нафталина и азулена
5 марта 2015, А.В.Головин. [задания]
5. Вычисление ковалентных и нековалентных параметров для молекулярной механики
12 марта 2015, А.В.Головин. [задания]
7. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
19 марта 2015, А.В.Головин. [задания]
8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
26 марта 2015, А.В. Головин [задания]
9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
2 апреля 2015, А.В. Головин [задания]
10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
9 апреля 2015, А.В. Головин [задания]
11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
16 апреля 2015, А.В. Головин [задания]
12. Макромолекулярный докинг
23 апреля 2015, А.В. Головин [задания]
13. Расчёт энергии сольватаци димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP.
30 апреля 2015, А.В. Головин [задания]
14. Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.
7 мая 2015, А.В. Головин [задания]
15. Журнальный клуб, обсуждение заданий
14 мая 2015, А.В. Головин
16. Зачёт
21 мая 2015, А.В. Головин