Подсказки к занятию 7
К упражнению 1
Банк nr (Non-redundant protein sequences) — своеобразный "виртуальный" банк, существующий только как область поиска программой BLAST на сайте NCBI. По замыслу, включает в себя все белковые последовательности из всевозможных источников (в первую очередь Swiss-Prot и аннотации кодирующих участков генов в GenBank). При этом как nr, так и другие банки последовательностей на сайте NCBI подвергнуты "кластеризации": записи с одинаковой последовательностью (часто таковыми являются, например, белки из разных штаммов одного вида бактерий) объединены в одну и будут показаны в списке находок одной строкой. Тем самым, указанный в первом столбце таблицы находок "Accession" может не совпасть с AC белка, поданного на вход. Чтобы понять, найден ли исходный белок, часто имеет смысл посмотреть в той части выдачи BLAST, где приведены выравнивания — там будут приведены все ID и AC записей, попавших в кластер. Если же кластер очень большой, то часть идентификаторов последовательностей может быть даже скрыта в выпадающем меню!
- Чтобы узнать номер находки в списке описаний, наведите курсор мыши на "Accession" (гиперссылку в левом столбце таблицы). В "строке состояния" (внизу окна браузера) отобразится гиперссылка, в которой среди прочего будет указано "blast_rank=19", значит, курсор на 19-ой находке.
- Для перехода со списка находок к конкретному выравниванию можно щёлкнуть по числу в третьем столбце ("Max score").
- Для ответа на последний вопрос надо знать, каковы по умолчанию пороговое значение E-value и предельный размер выдачи. Чтобы узнать это, на странице запроса щёлкните по "Algorithm parameters": появятся список параметров и значения по умолчанию.
К упражнению 2
Проведите поиск гомологов заданного белка по Swiss-Prot, при этом введите название таксона в окошко "Organism".
Если начать набирать название таксона, то интерфейс тут же начнёт подсказывать варианты; чтобы согласиться с одним из них, просто щёлките по нужному названию.
Если гомолог не найден, то вернитесь на страницу запроса (гиперссылка "blastp suite" в левом верхнем углу), введите название следующего таксона и т.д.