2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 5. Классификация ферментов (EC)
Отчет выложите на сайте. Срок выполнения без штрафов — утро дня следующуего занятия.
В таблице найдите против своего номера идентификатор UniProt человеческого фермента. В заданиях этот фермент будет называться "ваш фермент".
Сбор информации о своем ферменте
- Определите EC-код своего фермента.
- Расшифруйте EC-код и переведите на русский активность, соответствующую каждому из четырех чисел кода.
- Приведите схему реакции, катализируемой вашим ферментом.
Указание: воспользуйтесь сайтом "Enzyme Nomenclature" (NC-IUBMB, ищите Google'ом).
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
С помощью SRS выясните, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с вашим ферментом три уровня классификации и сколько — все четыре.
Указание: помните про звездочки!
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
С помощью UniProt получите список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым вашего фермента. Полученный результат сохраните в виде двух файлов, в одном должны быть последовательности в Fasta-формате, в другом — текстовая таблица, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код. Укажите в отчёте, сколько всего белков нашлось, у скольких из них совпадает с вашим подкласс по EC (второе число), у скольких — также и третье, у скольких — вся классификация.
- Пользуясь программой blastp, найдите среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с вашим ферментом. Порог по e-value поставьте с запасом (например, равный 1 или даже оставьте по умолчанию, т.е. 10).
- Укажите, сколько всего белков нашлось и сколько из них, по вашему мнению, можно считать достоверными гомологами. Создайте таблицу, которая бы отражала, насколько сохраняется функция (т.е. подкласс, подподкласс и порядковый номер EC) в зависимости от позиции находки в выдаче blastp. Таблицу можно сформировать в HTML-формате или сделать в Excel и прикрепить к отчёту.
Указания
- На сайте Uniprot войдите в Advanced Search, используйте поля Organism и Enzyme Classification.