2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 9
Задания
- Выбрать домен. Описать доменные архитектуры белков, содержащих домен.
- Выбрать две-три архитектуры, включающие этот домен
- Выбрать таксон и два-три его подтаксона для сравнения
- Выбрать не менее, чем по 15 представителей каждой из архитектур; для каждого подтаксона должно быть не менее 5 преставителей каждой архитектуры.
- Определить таксономию каждого представителя.
- Получить и, при необходимости, отредактировать совместное выравнивание всех отобранных последовательностей домена.
В отчете на сайте должно быть (к следующему занятию):
- Описание выбранного домена из Pfam:
- AC
- ID
- функция домена
- ссылка на страницу домена в Pfam
- Таблица или список разных доменных архитектур с этим доменом и указанием числа последовательностей (можно поставить ссылку на соответствующую страницу Pfam).
- Описание выбранных доменных архитектур; для каждой:
- число представителей
- характеристика других доменов
- Описание выбранного таксона и его подтаксонов.
- Ссылка на таблицу Excel с описанием всех белков из Uniprot, включающих домен и, на отдельном листе, с выборкой представителей с указанием доменной архитектуры и подтаксона.
Выравнивание отобранных вами последовательностей домена, разбитое на группы по доменным архитектурам и раскрашенное по консервативности внутри групп. Выравнивание должно быть обработано редактором JalView и сохранено как "Project" (File → Save project в главном окне) в файл с расширением jar.
- Обоснование правильности выравнивания
См. указания