2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 10
Задание: построить филогенетическое дерево по выравниванию представителей домена, полученному в практикуме 9
- Сделайте имена последовательностей говорящими. А именно:
- Закодируйте доменные архитектуры (например, 1 и 2, если выбраны однодоменные и двудоменные белки).
Закодируйте сравниваемые таксоны (например, E, A и B – если рассматриваются эукариоты, археи и бактерии). Расшифровка кодов архитектур и таксонов на странице с отчётом обязательна!
- К именам всех последовательностей спереди добавьте коды архитектуры и таксона (например, так: 2_E_Q9XWZ6 вместо Q9XWZ6_CAEEL/290-607)
- Постройте филогенетическое дерево:
- Используйте любой из методов "верхней тройки" программы MEGA. Вместо этого можно, если хотите, использовать метод NJ из Jalview, программы пакета PHYLIP или какой-нибудь онлайн-сервис (но выбранный метод не должен предполагать молекулярные часы и должен выдавать длины ветвей). Обязательно опишите программу, метод и использованные параметры в отчёте.
- (* – дополнительно) Используйте известные вам методы подтверждения достоверности ветвей дерева
Создайте рисунок дерева с использованием методов выделения (раскраски и т.п.) ветвей и/или клад для наглядной демонстрации результата, поместите его на страницу отчёта. Можно использовать MEGA или любые другие программы визуализации дерева, представляющие достаточные средства для визуализации. Одна из таких программ — ITOL
- Также поместите на странице отчёта скобочную формулу дерева.
- Выскажите и обоснуйте гипотезу об эволюции архитектур с выбранным доменом. Отчёт должен включать достаточно развёрнутое и обоснованное заключение о возможных путях эволюции выбранных доменных архитектур.
*******
Не забывайте, завершив отчёт, вставить ссылку на него в форму!