Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012
Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров"
Новые варианты лекций вместе с исходной разметкой в LaTex можно посмотреть тут: http://vsb.fbb.msu.ru/rhodecode/mm_course_lectures
1. Знакомство с Pymol
11 февраля 2016, А.В.Головин. [задания] [презентация]
2. Работа Pymol
18 февраля 2016, А.В.Головин. [задания] [подсказки]
3. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
3 марта 2016, А.В.Головин. [задания]
4. Ab initio вычисления для нафталина и азулена
10 марта 2016, А.В.Головин. [задания]
5. Вычисление ковалентных и нековалентных параметров для молекулярной механики
17 марта 2016, А.В.Головин. [задания]
6. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
24 марта 2016, А.В.Головин. [задания]
8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
31 марта 2016, А.В. Головин [задания]
9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
7 апреля 2016, А.В. Головин [задания]
10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
14 апреля 2016, А.В. Головин [задания]
11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
16 апреля 2015, А.В. Головин [задания]
12. Макромолекулярный докинг
23 апреля 2015, А.В. Головин [задания]
Правила сдачи зачёта
Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что к этому моменту студенты будут знакомы с материалом. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий. Итак: