2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров"
Новые варианты лекций вместе с исходной разметкой в LaTex можно посмотреть тут: http://vsb.fbb.msu.ru/rhodecode/mm_course_lectures
Правила сдачи зачёта
Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что к этому моменту студенты будут знакомы с материалом. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий. Итак:
- Если сумма баллов за практикумы менее 0.5 от максимальной, то студент получает дополнительный вопрос на зачёте.
- На зачёт предполагается две пары (т.е. два раза по 1.5 часа), очередность сдачи зачёта соответствует сумме балов за практикум (хуже баллы дальше очередь).
Жду рациональных предложений по улучшению курса.
Результаты практической работы
Результаты доступны в виде google таблицы. Из таблицы видно как оцениваются задания.
1. Знакомство с Pymol
17 февраля 2017, А.В.Головин. [задания] [презентация]
2. Работа Pymol
3 марта 2017, А.В.Головин. [задания]
3. Хемоинформатика
3 марта 2017, А.В.Головин. [задания]
4. Ab initio вычисления орбиталей водорода
10 марта 2017, А.В.Головин. [задания]
5. Полуэмпирические и Ab initio вычисления молекулярных систем
24 марта 2017, А.В.Головин. [задания]
6. Вычисление ковалентных параметров для молекулярной механики
28 марта 2017, А.В.Головин. [задания]
7. Изучение работы методов контроля температуры в молекулярной динамике
31 марта 2017, А.В.Головин. [задания]
8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
7 марта 2017, А.В. Головин [задания]
9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
14 апреля 2017, А.В. Головин [задания]
10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
21 апреля 2017, А.В. Головин [задания]
11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
5 мая 2017, А.В. Головин [задания]
12. Макромолекулярный докинг
12 апреля 2017, А.В. Головин [задания]
4. Ab initio вычисления для нафталина и азулена
7 апреля 2017, А.В.Головин. [задания]
5. Вычисление ковалентных параметров для молекулярной механики
17 марта 2016, А.В.Головин. [задания]
6. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
24 марта 2016, А.В.Головин. [задания]
8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
31 марта 2016, А.В. Головин [задания]
9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
7 апреля 2016, А.В. Головин [задания]
10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
14 апреля 2016, А.В. Головин [задания]
11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
5 мая 2017, А.В. Головин [задания]
12. Макромолекулярный докинг
23 апреля 2015, А.В. Головин [задания]