Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров"

Новые варианты лекций вместе с исходной разметкой в LaTex можно посмотреть тут: http://vsb.fbb.msu.ru/rhodecode/mm_course_lectures

Правила сдачи зачёта

Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что к этому моменту студенты будут знакомы с материалом. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий. Итак:

Жду рациональных предложений по улучшению курса.


Результаты практической работы

Результаты доступны в виде google таблицы. Из таблицы видно как оцениваются задания.

google sheet



1. Знакомство с Pymol

17 февраля 2017, А.В.Головин. [задания] [презентация]

2. Работа Pymol

3 марта 2017, А.В.Головин. [задания]

3. Хемоинформатика

3 марта 2017, А.В.Головин. [задания]

4. Ab initio вычисления орбиталей водорода

10 марта 2017, А.В.Головин. [задания]

5. Полуэмпирические и Ab initio вычисления молекулярных систем

24 марта 2017, А.В.Головин. [задания]

6. Вычисление ковалентных параметров для молекулярной механики

28 марта 2017, А.В.Головин. [задания]

7. Изучение работы методов контроля температуры в молекулярной динамике

31 марта 2017, А.В.Головин. [задания]

8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS

7 марта 2017, А.В. Головин [задания]

9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS

14 апреля 2017, А.В. Головин [задания]

10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

21 апреля 2017, А.В. Головин [задания]

11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

5 мая 2017, А.В. Головин [задания]

12. Макромолекулярный докинг

12 апреля 2017, А.В. Головин [задания]