2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Сборка de novo. Указания
Пакет velvet стоит на kodomo и состоит из двух программ: velveth для выделения k-меров из чтений ("hashing") и velvetg для сборки контигов на основе графа k-меров. Изучите help'ы (для этого достаточно запустить каждую программу без параметров) или же почитайте руководство.
Следует создать базу blast из последовательности хромосомы и запустить blastn. Параметр -task можно не задавать (он по умолчанию megablast). В качестве query нужно взять файл со всеми контигами сразу. Выдачу нужно заказать табличную (-outfmt 6 или outfmt 7) и обработать её с помощью Excel. Чтобы определить число мест, на которые картировался данный контиг, можно использовать сводные таблицы или функцию COUNTIF/СЧЁТЕСЛИ.
Программа spades стоит на kodomo. Изучите руководство.