2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017В процессе...
Предсказание генов прокариот
Обязательным является выполнение одного из заданий 1, 2 на ваш выбор. Другое задание считается дополнительным и оценивается, если сделано.
1. Аннотируйте последовательность и сравните с аннотацией генов в записи GenBank
- Выберите последовательность для аннотации
- плазмиду или хромосому бактерии или археи или геном вируса или фага
- В отчёт включите
- таксономию и название генома,
какая хромосома/плазмида, GenBank AC
- ссылку на таблицу с результатами сравнения аннотаций
- таблицу по анализируемым генам на веб-странице
- Заключение по результатам работы
- Этапы
- Используйте RAST
Зарегистрируйтесь на сервере RAST.
- Дождитесь письма с подтверждением и паролем; зайдите в свой эккаунт на RAST
Создайте новое задание: Jobs => Upload new job. Следуйте указаниям
- Дождитесь результата. Так как может быть длинная очередь, то можете выйти и через часы или сутки зайти проверить статус задания.
- Для генов белков укажите
- число одинаково аннотированных генов - совпадают и старт, и стоп-кодоны
- число генов с одинаковым стоп-кодоном, но разными старт-кодонами
число генов, аннотированных RAST, и не аннотированных в записи GenBank
- Для 3-х генов с не совпадающими аннотациями проверьте аннотацию с помощью blast. Выберите правильную разновидность blast!
2. Аннотируйте гены в не аннотированном фрагменте геномной ДНК и сравните с результатами поиска blast
- Выберите не аннотированный контиг генома бактерии длиной более 10 000 п.н.
- Используйте таблицу prokaryotes.txt на NCBI
- В отчет включите
- таксономию и название генома,
- какая хромосома/плазмида, ее идентификаторы
- таблицу сравнения предсказанных генов и находок blast
- график кодирующего потенциала
- заключение по результатам работы
- Этапы
Используйте GeneMark включая график кодирующего потенциала
- выполните поиск генов с помощью blast
- ....