Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Банки нуклеотидных последовательностей

Подсказки

Часть I. Deadline 20 окт.

1. Охарактеризуйте качество сборки генома эукариотического организма

• Организм - на ваш выбор; используйте NCBI Genome, Browse by organism или поиск по БД Genome
• В отчёте укажите
  • число сборок генома; выберите одну
  • число проектов по секвенированию организма и число образцов
  • для одной сборки
    • приведите описание образца (BIOSAMPLE ID и перевод описания)
    • приведите описание проекта (BIOPROJECT)
  • число контигов/скэффолдов сборки
  • таблицу контигов/скэффолдов (контиг, длина, ...) - ссылка на файл с веб-страницы
  • N50 и L50, самый длинный и самый короткий контиг
  • сделайте ссылку на последовательность одного из контигов (на ваш выбор)

2. Составьте таблицу митохондриальных генов указанного мха

• Вид мха см. в в таблице

• Поиск по полям в БД Nucleotide (NCBI). Составьте и включите в протокол запрос, результатом которого является только нужный геном.
• По ссылке со страницы с записью генома можно перейти к списку всех генов, включая гены РНК, и сохранить его.
• В отчете должно быть, кроме названия мха (и желательно, фотографии!):
  • число генов РНК и белков
  • ссылка на файл со списком генов, отсортированным по началу в геноме
  • ....

3. Опишите десять ключей, используемых в таблицах особенностей

• Найдите страницу help'а; можно искать на сайте NCBI, EBI или (что самое простое!) INSDC
• Выбирайте ключи поинтереснее! Впрочем, выбор за вами.
• На каждый ключ приведите пример.

Часть II. Deadline 27 окт.

4. (blastn) Установите какому гену принадлежит последовательность, полученная в практикуме 6, и таксономию организма

• используйте BLASTN ("samewhat similar sequences", а не что иное!) по банку nr
• выберите несколько лучших из достоверных находок, охарактеризуйте гены и таксономию (способ документации - на ваше усмотрение)
• постройте выравнивание входной последовательности с находками (должно быть доступно по ссылке с веб-страницы)
• напишите вывод: какой ген, какой таксон, какой уровень сходства с лучшей находкой (в числе замен на 100 п.н.)и с лучшей находкой из другого вида или таксона более высокого уровня

''Пояснение.''
     * под геном понимается не только ген, кодирующий белок, но и ген, кодирующий РНК, и любой участок, имеющий наименование в связи с использованием в штрихкодировании ДНК
     * во многих случаях не удастся определить принадлежность вашей последовательности определенному виду; в зависимости от находок определите таксон более высокого порядка
     * оставляю способ документации результатов (т.е. как продемонстрировать данные, подтверждающие выводы) на ваше усмотрение; однако результат не будет защитан, если вы напишете правильные выводы, но не приведете данные, достаточные проверяющему чтобы убедиться в их правильности; (например, напишете "BLAST не нашел ни одной находки с E<0.001" и не приведете скриншот результата поиска)