Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Нуклеотидный blast

Deadline для выполнения задания 4 перенесен на неделю, до 3 нояб. ААл

Часть 1

1. Определите таксономию и функцию данной нуклеотидной последовательности

Это 4-е задание из 7-го практикума

2. Сравните списки находок нуклеотидной последовательности 3-я разными алгоритмами blast

• Последовательность - из практикума 7
• В зависимости от находок blastn (4-е задание практ.7) ограничьте область поиска подходящим таксоном.
  • Вариант - выберите другой вид того же рода, что и лучшая находка
  • Если почему-либо не получается подумайте как изменить область поиска; не могу предусмотреть все варианты(((
• Что хочется от области поиска:
  • находок blastn от 10 до 1000
  • сходство находок заметно разное (плохой вариант - все находки со сходством 99%; хороший - от 100% до 85%)

• Позаботьтесь чтобы результаты поиска не содержали ровно 100 находок любым алгоритмом! (см. Algorithm parameters)

• Поиск по-очереди тремя алгоритмами: blastn, megablast, discontiguous megablast, все остальные параметры должны быть одинаковыми!
• В отчёт включите
  • область поиска, ссылку на последовательность
  • для каждого алгоритма:
    • число находок,
    • E-value и сходство для худших находок,

    • примеры (>=2) находок одного алгоритма, не найденных другими, объяснение почему не найдены

    • заключение
    • скриншот страницы находок (или части страницы) желателен; однако рисунок - не самоцель, а способ продемонстрировать какую-либо мысль
• (*) ДОПОЛНИТЕЛЬНО можно проанализировать результаты в зависимости от изменения параметров, таких как размер слова, веса за совпадение/несовпадение и за гэпы

3. Проверьте наличие гомологов пяти белков в геноме одного из организмов

Достаточно выполнить одно из заданий: 3.1 (более простое) или 3.2 (более сложное)

• В отчете приведите для каждого из белков
  • название, краткое описание функции,
  • число хороших (т.е. предположительно, свидетельствующих о гомологии) находок в геноме,
  • параметры лучшей находки (в какой записи, процент идентичных позиций, покрытие входной последовательности)
  • если белок не найден, то ваши соображения о том, почему их нет
  • если нашлось больше одного вероятного гомолога, то чем это можно объяснить
  • для иллюстрации выводов по находкам полезно привести выдачу blast (но не ссылку на сайт NCBI, т.к. такая ссылка не вечна)
  • заключение по находке
  • (*) ДПОЛНИТЕЛЬНО (для 3.1.): проверьте аннотирована ли в генома лучшая находка

3.1. Организм из задания 1 практикума 7; белки: HSP7C_HUMAN, TERT_HUMAN, CISY_HUMAN, RPB1_HUMAN, PABP2_HUMAN.

• Используйте поиск в нуклеотидном банке, т.е. геноме вашего организма (см. подсказки)

3.2. Организм X5 (Amoboaphelidium), сборка генома X5 лежит на диске P: в директории y14/term3/block2/pr8; белки выбираете на свое усмотрение из тех, которые, по вашему мнению, должны быть почти у всех эукариот

• Используйте поиск белковой последовательности против трансляции нуклеотидного банка данных в шести рамках - standalone blast

Часть 2

4. Классифицируйте геномы родственных вирусов по сходству последовательностей

• Выберите вирус (например, тот, который был у вас в первом семестре)
• Сохраните пять полных геномов того же вида и/или рода вирусов
• См. подсказки
• Сравните геномы с помощью tblastn: на вход - все последовательности, поиск в blast БД тех же последовательностей, формат - табличный (-outfmt 7 - с заголовками; -outfmt 8 - без заголовков; удобнее 8, а потом вставить заголовки из запуска 7 для одной посл-ти)
• В отчет включите
  • ссылку на файл Excel с результатами blast (после "прочистки" скриптом, см. подсказки
  • выводы по результатам сравнения геномов

Поскольку я не знаю как оценивать сходство двух геномов вирусов, то принимается любой способ. Например,

• по максимальному проценту сходства двух трансляций (не очень хороший способ)
• по среднему проценту сходства всех трансляций (не очень хороший способ)
• по суммарной длине сходных пбелковых последовательностей (не очень хороший способ)
• ну, изобретите еще что-нибудь, пожалуйста!

Открою секрет: никто не знает толком как сравнивать вирусные геномы из-за их быстрой эволюции и частых потерь и приобретений новых генов