2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Требования к белку для выполнения большинства заданий:
Со страницы структуры на сайте PDBe должен быть доступен для скачивания файл с электронной плотностью.
Чтобы проверить, так ли это, зайдите на страницу структуры (например, для кода 1XYZ адрес выглядит так: http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1xyz ), найдите в правой части меню Downloads и посмотрите, есть ли в этом меню пункт EDS map. Если нет, возьмите другую структуру.
- Наличие электронной плотности означает, что автор модели положил в PDB не только саму модель, но и экспериментальные данные.
- Экспериментальные данные называются "Файл структурных факторов" (Strucure factors). Он (если существует) тоже доступен для скачивания с сайта PDB.
- Имеются подходящие структурные гомологи белка (одного из, если в модели несколько белков).
Проверка PDBeFold ⇒ launch ⇒ Query ⇒ внесите ваш PDB код, подождите результата, в таблице с находками посмотрите, чтобы было 5 или более разных белков с RMSD (колонка с оценкой сходства) от 0.8 до 3.0 ангстрем и N_align (колонка с числом сопоставленных Cα) от половины до 90% от числа аминокислотных остатков входного белка. Все числа не являются мировыми константами. Если проблемы — спрашивайте.
- Для отчёта по качеству структуры крайне желательна статья, опубликованная по результатам расшифровки. Обычно она указывается в самом PDB файле. Если статья есть, но нет доступа к полному тексту, то напишите преподавателям.
Скорее всего, структура вашего белка из первых семестров окажется подходящей.