2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Отчёт по качеству РСА расшифровки структуры своего белка
РСА – это рентгеноструктурный анализ
Указания
Отчёт должен быть готов к 30 ноября 2017 г.
Оформление отчёта
- Файл с отчетом должен быть доступен по ссылке с веб-страницы.
Рекомендуемый формат – pdf. Можно и .doc или .odt
- Следует придерживаться правил оформления статей
Должен быть связный текст, понятный любому компетентному читателю. Нагромождение больших таблиц, полученных с серверов, недопустимо!
Нужны название, автор, аннотация, введение, разделы с заголовками, рисунки (с подписями снизу), таблицы (с названиями сверху), ссылки на литературу.
- Аннотация – пара фраз о том, что сделано в отчете.
- Введение – очень коротко о самом белке и о цели расшифровки структуры со ссылками на публикацию (публикации).
- Результаты и обсуждение – о собственной работе. Ваша работа в данном случае состоит в извлечении информации из разных источников, ее систематизации, проверке и интерпретации. Указывайте ссылки на источники.
Заключение – пара фраз с вашей оценкой качества расшифровки структуры.
- Если захотите – раздел "Благодарности".
- Список литературы, включающий ссылки на статьи, веб-сервисы и программы
Содержание отчёта
Общая информация о модели
- состав комплекса;
- год;
- фамилии авторов;
- метод решения фазовой проблемы;
- число измеренных рефлексов (см. в файле структурных факторов);
- разрешение, полноту набора структурных факторов, диапазон разрешений структурных факторов (всегда указан на странице EDS);
- параметры кристаллографической ячейки
- наличие некристаллографических симметрий в асимметрической ячейке.
Значения индикаторов качества модели в целом
- R-фактор;
- R_free;
- Карте Рамачандрана
- число/процент маргинальных остатков
- рисунок
- средние значения других индикаторов (тех, смысл которых вам ясен!).
Таблица со списком нескольких (не более 15!) маргинальных остатков с указанием показателя, по которому они отобраны. Следует смотреть на остатки:
- из запрещенной области карты Рамачандрана;
- с неблагоприятной конформацией боковых цепей;
- с худшими значениями RSR факторов;
- с неблагоприятным окружением:
- His, Asn, Gln с подозрением на необходимость инверсии боковой цепи (из PDBreport);
- остатки, в которых полярные атомы (а) не образуют водородных связей и при этом (б) не выходят на поверхность белка;
- молекулы растворителя (воды), не фиксированные водородными связями (в том числе с молекулами из соседних ячеек!)
- остатки, находящиеся в cis (или не trans и не cis) конформации;
- могут быть приведены и другие маргиналы (с объяснением).
Анализ 5 маргинальных остатков и/или гетеромолекул (воды, ионов, лигандов). Наибольшее подозрение вызывают остатки, маргинальные по нескольким параметрам. Для каждого из этих остатков
- укажите значения основных показателей маргинальности
- продемонстрируйте с помощью рисунка почему считается, что он – маргинал
- сделайте и обоснуйте вывод: ошибка расшифровки или особенность
Сравнение модели из PDB с моделью из PDB_redo.
- Вы решаете, как сравнивать, о чем написать и в каком объёме.