Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Практикум 6. Задание

Две HTML-странички с результатами выполнения практикума должны быть доступны с вашего сайта, т.е. на них должны вести ссылки с осмысленными названиями со страницы первого семестра.

Обратите внимание и не удивляйтесь: некоторым из вас выдана не бактерия, а архея, но их геномы тоже лежат в этой папке!

1. Создайте страничку с описанием выданного прокариотического организма

  1. Создайте страничку с названием (для поля <TITLE>) "Краткое описание генома бактерии (или археи, если вам выдана архея) <...>", где вместо <...> подставьте латинское название выданного организма.

  2. Напишите абзац (или несколько) текста, описывающего выданный вам организм. Не забывайте учитывать все правила написания научного текста, которые были даны в предыдущем практикуме. Можно пользоваться планом ниже или иначе. Краткую справочную информацию (о размере генома и т.п.) можно получить на сайте NCBI: из выпадающего меню (где стоит All Databases) выберите Genome, а в поле справа вставьте латинское название своего организма и нажмите кнопку "Search".

    • Бактерия это или архея;
    • Местообитание организма, вызываемые им заболевания (если это патоген) или другие интересные особенности;
    • Размер генома (в парах нуклеотидов), количество генов;
    • Дата секвенирования генома.
  3. Если найдете картинку с микрофотографией клеток этого организма - вставьте ее на страничку.

2. Создайте страничку с описанием выданного белка и его геномного окружения

  1. С помощью текстового поиска найдите описание и последовательность своего белка в одном из файлов .gbk, принадлежащих выданной бактерии.

  2. Вставьте последовательность своего белка в формате FASTA на страничку.

  3. Заполните на страничке таблицу 1.

    • Вместо <XXX> в названии белка вставьте в родительном падеже (описание чего?) перевод на русский язык описания белка, которое указано в БД (поле product).

    • Координаты в геноме записывайте в формате begin..end (например, 100..200).

    • Идентификатор белка – это то, что указано в таблице, и то, что называется protein_id.

    • Идентификатор генома – это идентификатор вида NC_..., который указывается в названии и в первой строке того файла .gbk , в котором вы нашли свой белок. Если геном вашего организма в базе данных представлен несколькими фрагментами (например, несколькими хромосомами, или хромосомой и плазмидами), то назовите этот параметр в таблице Идентификатор фрагмента генома.

  4. Создайте и добавьте на страничку рисунок с изображением геномного окружения своего белка.

    • Откройте геномный браузер для своего генома. Для этого откройте сайт NCBI, из выпадающего меню (где стоит All Databases) выберите Nucleotide, а в поле справа вставьте идентификатор генома (или его фрагмента), в котором нашелся выданный вам белок. Нажмите кнопку "Search", а потом - ссылку "Graphics".

    • В поле Find: вставьте координаты гена своего белка (в таком же виде, как у вас в таблице) и нажмите клавишу "Enter": браузер переместит вас к выбранной области.

    • Немного отдалите "камеру", чтобы в поле зрения попали 1-2 окружающих гена.
    • Включите режим просмотра рамок считывания (кнопка Tracks -> вкладка Sequence -> галочка на Six frames translation).

    • Сохраните рисунок в виде pdf (кнопка Tools -> пункт Downloads -> PDF file -> Create PDF-file, а потом щелкните по появившейся короткой ссылке).

    • Сохраните этот же рисунок в формате PNG и вставьте на свою страничку. Для этого:

      • Откройте сохраненный рисунок в программе Adobe Acrobat, установите величину Zoom на примерно 150% и скопируйте рисунок в буфер обмена (меню Редактрирование -> Сделать снимок), потом <Ctrl + A> чтобы выделить все, <Ctrl + С> чтобы скопировать в буфер обмена.

      • Откройте Paint или другой редактор картинок.

      • Вставьте изображение из буфера (<Ctrl + V>).

      • Обрежьте края рисунка так, чтобы они соответствовали изображению (не оставляйте огромных пустых белых полей).
      • Сохраните рисунок в формате PNGPaint: меню Файл -> Сохранить как и выбираете формат).


Таблица 1. Описание <XXX> из генома бактерии (или археи, если вам выдана архея) <YYY>

Параметр

Значение

Идентификатор белка

...

Идентификатор GI

...

Идентификатор генома

...

Координаты гена в геноме

...

Длина гена (в парах нуклеотидов)

...

Цепь (прямая или обратная)

...

Длина белка (в аминокислотных остатках)

...