2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 6. Задание
Две HTML-странички с результатами выполнения практикума должны быть доступны с вашего сайта, т.е. на них должны вести ссылки с осмысленными названиями со страницы первого семестра.
В папке term1 создайте папку pr6 для этого практикума.
В таблице найдите название выданного вам прокариотического организма (бактерии или археи) и идентификатор белка, который принадлежит этому организму. С этим белком вы будете работать в следующих семестрах, поэтому почти всегда, когда будет говорится ваш белок – будет подразумеваться именно этот белок.
Скачайте геном (все файлы .gbk) выданного вам организма с сайта NCBI через FTP в свою рабочую директорию. Пользуясь NetBox, зайдите на ftp-сервер NCBI (ftp.ncbi.nlm.nih.gov) по протоколу ftp. Войдите в директорию genomes, поддиректорию Bacteria и там найдите директорию с геномом своего прокариотического организма.
Обратите внимание и не удивляйтесь: некоторым из вас выдана не бактерия, а архея, но их геномы тоже лежат в этой папке!
1. Создайте страничку с описанием выданного прокариотического организма
Создайте страничку с названием (для поля <TITLE>) "Краткое описание генома бактерии (или археи, если вам выдана архея) <...>", где вместо <...> подставьте латинское название выданного организма.
Напишите абзац (или несколько) текста, описывающего выданный вам организм. Не забывайте учитывать все правила написания научного текста, которые были даны в предыдущем практикуме. Можно пользоваться планом ниже или иначе. Краткую справочную информацию (о размере генома и т.п.) можно получить на сайте NCBI: из выпадающего меню (где стоит All Databases) выберите Genome, а в поле справа вставьте латинское название своего организма и нажмите кнопку "Search".
- Бактерия это или архея;
- Местообитание организма, вызываемые им заболевания (если это патоген) или другие интересные особенности;
- Размер генома (в парах нуклеотидов), количество генов;
- Дата секвенирования генома.
Если найдете картинку с микрофотографией клеток этого организма - вставьте ее на страничку.
2. Создайте страничку с описанием выданного белка и его геномного окружения
С помощью текстового поиска найдите описание и последовательность своего белка в одном из файлов .gbk, принадлежащих выданной бактерии.
Вставьте последовательность своего белка в формате FASTA на страничку.
Заполните на страничке таблицу 1.
Вместо <XXX> в названии белка вставьте в родительном падеже (описание чего?) перевод на русский язык описания белка, которое указано в БД (поле product).
Координаты в геноме записывайте в формате begin..end (например, 100..200).
Идентификатор белка – это то, что указано в таблице, и то, что называется protein_id.
Идентификатор генома – это идентификатор вида NC_..., который указывается в названии и в первой строке того файла .gbk , в котором вы нашли свой белок. Если геном вашего организма в базе данных представлен несколькими фрагментами (например, несколькими хромосомами, или хромосомой и плазмидами), то назовите этот параметр в таблице Идентификатор фрагмента генома.
Создайте и добавьте на страничку рисунок с изображением геномного окружения своего белка.
Откройте геномный браузер для своего генома. Для этого откройте сайт NCBI, из выпадающего меню (где стоит All Databases) выберите Nucleotide, а в поле справа вставьте идентификатор генома (или его фрагмента), в котором нашелся выданный вам белок. Нажмите кнопку "Search", а потом - ссылку "Graphics".
В поле Find: вставьте координаты гена своего белка (в таком же виде, как у вас в таблице) и нажмите клавишу "Enter": браузер переместит вас к выбранной области.
- Немного отдалите "камеру", чтобы в поле зрения попали 1-2 окружающих гена.
Включите режим просмотра рамок считывания (кнопка Tracks -> вкладка Sequence -> галочка на Six frames translation).
Сохраните рисунок в виде pdf (кнопка Tools -> пункт Downloads -> PDF file -> Create PDF-file, а потом щелкните по появившейся короткой ссылке).
Сохраните этот же рисунок в формате PNG и вставьте на свою страничку. Для этого:
Откройте сохраненный рисунок в программе Adobe Acrobat, установите величину Zoom на примерно 150% и скопируйте рисунок в буфер обмена (меню Редактрирование -> Сделать снимок), потом <Ctrl + A> чтобы выделить все, <Ctrl + С> чтобы скопировать в буфер обмена.
Откройте Paint или другой редактор картинок.
Вставьте изображение из буфера (<Ctrl + V>).
- Обрежьте края рисунка так, чтобы они соответствовали изображению (не оставляйте огромных пустых белых полей).
Сохраните рисунок в формате PNG (в Paint: меню Файл -> Сохранить как и выбираете формат).
Таблица 1. Описание <XXX> из генома бактерии (или археи, если вам выдана архея) <YYY>
Параметр |
Значение |
Идентификатор белка |
... |
Идентификатор GI |
... |
Идентификатор генома |
... |
Координаты гена в геноме |
... |
Длина гена (в парах нуклеотидов) |
... |
Цепь (прямая или обратная) |
... |
Длина белка (в аминокислотных остатках) |
... |