2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 1. Визуализация молекул в JMol
С вопросами можно обращаться к Артуру ( aozalevsky@fbb.msu.ru ) и Евгению Алексеевичу ( evaksianov@gmail.com ).
Отчетом по данному практикуму является страница "Визуализация молекул в JMol", доступная со страницы семестра.
Страница должна включать:
1. J(S)Mol апплет.
2. Ссылку на текст скрипта.
3. Таблицу с параметрами водородных связей.
После выполнения всех заданий необходимо записаться в очередь на проверку.
0. Тренировочное задание
Чтобы познакомиться с JMol, выполните небольшое тренировочное задание.
1. Веб-страница с JMol-апплетом, демонстрирующим структуру белка
Создайте веб-страницу, на которой будет размещен J(S)Mol апплет в режиме HTML5. По-умолчанию, апплет должен отображать (загружать с сервера PDB) ваш белок. PDB ID можно узнать в таблице.
2. Отображения молекул
Создайте Jmol скрипт (текстовый файл scriptname.spt с набором команд), который будет последовательно показывать следующие изображения:
- Изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по цепочкам.
- Изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по вторичной структуре.
- То же самое + изображение шаро-стержневой модели лиганда с раскраской по химическим элементам. Если лиганд состоит из одного атома, то его шаро-стержневая модель – просто один шарик.
- Изображение белка в виде ван-дер-ваальсовых радиусов (spacefill) с раскраской по химическим элементам.
- Изображение остова одной альфа-спирали с обозначением водородных связей. Не забудьте отцентровать изображение. Изображение двух бета-тяжей с обозначением водородных связей между ними.
Eсли в основном белке нет альфа-спиралей или бета-тяжей, выберите белок из второй колонки таблицы с PDB ID.
Каждое изображение должно сопровождаться пояснением при помощи команды ‘echo’ (на английском языке).
Переход между отображениями должен осуществляться по нажатию кнопки <Resume>, размещенной на странице.
Разместите ссылку на скрипт на странице и модифицируйте апплет так, чтобы при загрузке автоматически запускалось выполнение скрипта. Также разместите на странице кнопки "Start script" и "Resume" для запуска и продолжения выполнения скрипта.
3. Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода.
Определите типичные параметры водородных связей между остовными атомами в различных элементах вторичной структуры белков. Для этого:
- Измерьте и занесите в таблицу величины длин и углов для нескольких (не менее трех) водородных связей в элементах вторичной структуры. * Таблицу разместите на странице практикума. Вид таблицы, приблизительно, следующий:
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре |
|||
# |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-O-C (°) |
Альфа-спирали |
|||
1 |
N(XXXALA)- O(YYYARG) |
XX.XX |
XXX.X |
... |
|||
Бета-тяжи |
|||
... |
|||
- Добавьте на страницу практикума вывод о типичных значениях параметров.