Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Выучить и освоить к следующему занятию:

1. Вход на kodomo через putty

2. Команды:

   • pwd, ls (опции -l, -R, -1 и еще ≥2, разбор строки выхода ls -l), cd, mkdir, rmdir;

   • echo, cp, mv, more, less, cat, rm, wc; опции команды wc;

   • grep

   • man, man -k

   • history, exit

3. Специальные обозначения директорий:

   • /, .., ., ~ 

4. Что такое абсолютный и относительный пути к файлу или директории
5. Операторы перенаправления потоков:

   • >, >>, |

6. Спецсимволы в масках имен файлов:

   • *, ?, экранирование спецсимвола (например, \* или так '*'), [0-9]

7. Удобности:

   • tab и tab tab

   • стрелки вверх и вниз
   • копирование с экрана и вставка

   • history

Задания

0. Тренировочные задания в классе

1. Подключитесь к любому из устройств с GNU/Linux
   • Сервер kodomo.fbb.msu.ru
   • Raspberry PI (user: fbbstudent, password: fbbstudent)
   • Ноутбук Артура (user: fbbstudent, password: fbbstudent)
2. Выполните базовые команды:
   • whoami, who, finger
   • pwd, ls (c опциями)
   • cd, mkdir, rm
   • touch, echo
   • cp
   • less, vim
3. Корректно завершите сессию:
   • exit

1. Подключитесь к серверу kodomo.fbb.msu.ru

Для подключения к серверу kodomo.fbb.msu.ru из:

* Windows:

Воспользуйтесь программой PuTTY.

Host Name: kodomo.fbb.msu.ru
Port: 22
Connection type: SSH

Графические инструкции можно найти в лекции.

* GNU/Linux, OS X, etc

ssh <username>@kodomo.fbb.msu.ru

2. Создайте директорию ~/term2/linux/pr7 и перейдите в нее

Сначала осмотритесь. Команда pwd (man pwd) покажет вам в какой вы директории. Команда ls (man ls)покажет список файлов и поддиректорий в этой директории.

Используйте команды mkdir (man mkdir) и cd (cd). Например, так.

Чтобы не тратить время на набор лишних символов чаще используйте клавишу Tab (табулятор).

3. Скопируйте файлы с расширением txt из директории /P/y15/term2/Block2/some_strange_files в директорию pr7

Для копирования файлов воспользуйтесь командой cp (man cp)

В простейшем виде синтаксис команды выглядит следующим образом: cp <файл> <имя копии файла>. Внимательно отнеситесь к описанию путей к файлам.

Но копировать файлы по одному достаточно непрактично. Оптимизируйте эту операцию при помощи файловых масок (регулярных выражений).

Проверьте, что получилось (команды ls и less).

Если, случайно, вы скопировали не только нужные файлы, то удалите лишние при помощи команды rm <имя файла>. Вместо имени файла можно написать маску имен файлов. Будьте аккуратны! Корзины и операций восстановления в файлов в GNU/Linux нет. Для перестраховки используйте вызов rm -i или rm -I. Прочитайте в мануале (man rm) за что отвечают эти опции.

4. Определите уникальное содержимое файлов из предыдущего задания

Вывести содержимое файлов можно при помощи команды cat <one_file> <or_more_files>. (man cat)

Отфильтровать уникальное содержимое можно при помощи команды uniq, только внимательно прочтите документацию (man uniq) к программе перед ее использованием.

Для передачи выдачи одной программы на вход другой воспользуйтесь конвейером ( он же "пайп", знак |), например так: cat smth | uniq.

5. Создайте директорию term2/linux/credits и в ней файл с отчетом <username>_was_here.txt

В файл отчета <username>_was_here.txt внесите следующие строки:

Первая строка: "absolute path to credits dir"

Используйте команду echo <строка>. Когда освоитесь с ней – перенаправьте ее выход в файл оператором ">": echo <строка> > <имя файла>

Вторая строка: сам путь.

Используйте оператор ">>" для дописывания в конец файла

Далее добавьте в этот файл команду, которую вы использовали для копирования файлов по маске.

Далее добавьте в этот файл результат выполнения задания 4 и команду, при помощи которой вы его получили.

Проверьте содержимое файла командой less <имя файла>. Выход "q". Проверьте, появилось ли приглашение командной строки bash: "....$ " .

Для штатного выходы из linux выполните команду `exit`