2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Дополнительные задания. Подсказки
- Симулируем бросание монетки по числу генов и повторяем этот эксперимент 100 раз (можно больше).
Первое испытание - в колонке 1. Используйте СЛУЧМЕЖДУ нулем ("решка") и единицей ("орел"). Функция выдает 0 или 1 с равной вероятностью.
Распространите формулу вниз столько раз, сколько генов в вашем геноме. В этом же столбце (например, в верхних ячейках) рассчитайте число орлов (СЧЁТЕСЛИ) и отклонение числа орлов от ожидаемого - без знака!.
Распространите все формулы в сто соседних столбцов. Посчитайте сколько раз отклонение больше или равно тому, которое вы обнаружили в своем геноме.
Сделайте вывод.
Замечание В Excel есть формула, которая сразу выдает нужный вам ответ - вероятность получить такое же или большее число отклонений от среднего, какое вы обнаружили. Если вы что-то знаете по теории вероятности, то можете ее найти и применить. При применении тоже есть некоторые фокусы, которые - не понимая что делаете - вы не сумеете учесть! Поэтому ...
Мой мальчик! Тебе эту песню дарю.
Рассчитывай силы свои.
И, если сказать не умеешь "хрю-хрю", -
Визжи, не стесняясь: "И-и!"
С.Маршак- Поступите примерно так, как в Упражнении 5c из практ. 12. Советую сделать ячейку с параметром порог длины с число 100. Тогда изменение числа квазиоперонов при изменении порога получается изменением значения этого параметра.
Число генов в квазиопероне легко посчитать с помощью СЧЁТЕСЛИ. И гистограмму недолго построить.
- Отметить гены, пересекающиеся с предыдущим, можно в новой колонке с помощью ЕСЛИ. В следующей колонке можно вычислить сдвиг рамки и ориентацию пересекающихся генов друг относительно друга. Придумайте, как это сделать!
Если сделали, то посчитать число пар пересекающихся генов можно с помощью СЧЁТЕСЛИ.
- В таблице с генами есть колонка product_accession. Зайдите на сайт Uniprot
и выберите Retrieve/ID mapping. Этот сервис служит для перекодировки из одной системы идентификации в другую. Отфильтруйте идентификаторы кодирующих последовательностей (а не РНК - у РНК нет "продуктов"), скопируйте колонку идентификаторов и вставьте в окно Provide your identifiers. Выберите FROM: EMBL/GenBank/DDBJ CDS, TO: Uniprot KB => Go.
Получите таблицу, которую можно скачать в формате Excel. Однако сначала надо отредактировать колонки таблицы => Columns. Оставьте колонки Entry name, добавьте Protein Existence (из колонки Miscellaneous), Length, Protein names.
Скачайте в формате Excel, скопируйте на страницу своего файла, и сделайте сводную таблицу по полю "Protein exsistence". Прочитайте где-нибудь что значит каждая из категорий.
Сведения о том, каким образом подтвеждено существование гена можно получить только из базы данных белков Uniprot. Как это сделать - см. в подсказках.
Тот же финт с прекодировкой можно применить к столбцу GeneID, выьрав соответственно БД GeneID (Entrez Gene) в окошке From. (Enrez - так называется совокупность баз данных и сервисов на странице NCBI)