Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2015

• ...

Практикум 1

Обязательные задания

0. Заведите себе учетную запись в системе kodomo

Подробная инструкция содержится в подсказках. Если что-то не получается - зовите преподавателя!

1. Знакомство

Напишите со своего адреса на kodomo письмо преподавателям (на три адреса: aba@belozersky.msu.ru, sas@fbb.msu.ru, udavdasha@fbb.msu.ru; можно также добавить aozalevsky@fbb.msu.ru). В письме укажите:

• Вашу фамилию латинскими буквами с заглавной буквы в поле "Subject";
• приветствие преподавателям;
• несколько фраз о том, как Вы оцениваете свою компьютерную грамотность: какими программами умеете пользоваться, есть ли у Вас навыки программирования, как относитесь к компьютеру;
• пару фраз о том, насколько Вы владеете английским языком;
• любую другую информацию, которой Вам захотелось поделиться с преподавателями;
• Ваш адрес в Google Mail (один!); если у Вас нет ящика на gmail, заведите;
• подпись: Ваше имя (каким именем подписываетесь, так к Вам, обычно, и обращаются в ответном письме).

Официальным языком считается русский! Правила русского языка, соответственно, должны соблюдаться!

2. Подготовка к работе

На диске H: заведите директорию term1, в ней поддиректорию block1, в ней поддиректорию credits (для зачётных заданий). Создайте в директории block1 еще одну директорию pr1 (для всех промежуточных файлов по текущему практикуму, черновых версий отчетных файлов и т.п.)

Проверьте еще раз, что директории называются именно так (без опечаток, больших букв; на английском языке).

Дополнительные задания

В папке H:\term1\block1\pr1 создайте файл протокола со следующим названием: XXX_pr1.docx (или XXX_pr1.odt, если вы пользуетесь LibreOffice), где XXX - ваша фамилия на английском языке (например: Dibrova_pr1.docx). В этом файле опишите результаты выполнения заданий, указанных ниже. Когда протокол будет готов, скопируйте его в директорию H:\term1\block1\credits для проверки.

1. Выберите любой из двух файлов: файл 1, файл 2.

2. Укажите в протоколе название выбранного файла. Опишите, что содержится в файле.

3. Найдите повторы в последовательности. Выровняйте повторы вручную (см. образец в презентации: на слайде 4 последовательности не выровнены, на слайде 5 выровнены).

4. Посмотрите на самый последний слайд в презентации, где описывается схема использования компонентов системы CRISPR/CAS в генной инженерии. Обратите внимание, что на РНК при взаимодействии с белком Cas9 изображена шпилька: сочетание из стебля и петли. Пример шпильки приведен на рисунке 1. Найдите и отметьте в протоколе участки повтора, образующие стебель, и объясните почему он образуется. Отметьте на рисунке или на самой последовательности расположение этих участков.

5. * Какие фразы называют палиндромными в обычном языке? Приведите пример. Как Вы думаете, есть ли какие-то отличия в использовании слова "палиндром" применительно к геномным последовательностям? Как Вы считаете, почему в названии участков CRISPR присутствует слово "palindromic"?