Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Практикум 3. Задания

1. Настройте Far Manager для удобной работы (см. подсказки).

   • Вынесите на рабочий стол ярлык для Far Manager.
   • Измените следующие настройки:
     • размер окна Far Manager и (если хочется) размер шрифта;

     • После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

     • начальные директории (одна – "H:\"; другая – "P:\y16\term1");

   • Назначьте сочетание клавиш <правый_Ctrl+1> для перехода в директорию H:\term1\block1 вашей домашней директории (на диске H).

   • Сохраните настройки. Проверьте, что настройки сохраняются при закрытии и открытии Far Manager!

   • Создайте средствами Far Manager поддиректорию pr3 директории H:\term1\block1 (это будет ваша рабочая директория на это занятие). Позовите преподавателя и продемонстрируйте результат.

2. Создайте файл протокола вашей работы на этом занятии. Для этого запустите программу Word, создайте новый документ и сохраните его в рабочей директории под именем <Familiya>_pr3.docx. Вместо <Familiya> начиная с этого занятия и далее нужно использовать одно и то же написание вашей фамилии с заглавной буквы на английском языке без кавычек (то же самое, что вы указали при регистрации на kodomo). Протокол этого занятия начните с заголовка, из которого было бы понятно, чья и какая работа будет описываться (например "Протокол выполнения практикума 3 Пупкиным Василием") и даты занятия. По мере выполнения заданий заносите туда требуемые сведения. Протоколы будут первое время представлять собой основную форму отчётов о проделанной вами работе. Все ваши протоколы должны отвечать некоторым требованиям, изучите эти требования внимательно, если что-то неясно – спрашивайте.

3. В таблице найдите вирус, с геномом которого вы будет работать. Запишите в протоколе номер пункта задания и название вируса. Пользуясь NetBox, зайдите на ftp-сервер NCBI (ftp.ncbi.nlm.nih.gov) по протоколу ftp. Войдите в директорию genomes, поддиректорию Viruses и там найдите директорию с геномом своего вируса. Рассмотрите список файлов, внесите в протокол названия файлов с расширением "gbk" (это файлы формата GenBank) и их размер в байтах. Самый большой из этих файлов скопируйте в свою рабочую директорию, укажите в протоколе, какой файл вы скопировали и почему. Скопированный файл откройте в редакторе и найдите раздел, в котором содержится последовательность нуклеотидов этого генома (или участка генома).

4. Создайте в своей рабочей директории текстовый файл в fasta-формате <Familiya>_virus_pr3.fasta, содержащий последовательность этого генома (или участка). В этом файле название последовательности (см. в подсказках про формат fasta) должно совпадать с именем исходного GenBank-файла без расширения. Описание последовательности не обязательно, но всё же попробуйте найти подходящие слова в GenBank-файле. При создании файла пользуетесь редактором Far. Когда файл будет готов, и вы убедитесь, что его содержание соответствует заданию, скопируйте его в директорию credits. В протоколе кратко опишите, что вы делали.

5. Внесите в протокол число нуклеотидов в последовательности ДНК генома (участка), с которым вы работали, и опишите, как вы его определили.

6. (*) Дополнительное задание Опишите, что вы смогли понять об информации, содержащейся в файле, не считая последовательности нуклеотидов

7. В конце протокола в паре предложений отметьте, что на этом занятии вызвало наибольшие сложности, или что сложностей не возникло. Когда протокол будет готов для проверки, скопируйте его в директорию credits.