2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 5. Задание
Создайте страничку с описанием генома выданного вируса
Создайте страничку с названием (для поля <TITLE>) "Краткое описание генома вируса <...>", где вместо <...> подставьте название выданного вируса (на русском или английском языке).
На данную страничку должна вести гиперссылка со страницы вашего первого семестра (текст гиперссылки должен быть такой же, как и название страницы – или иной, но соответствующий ее содержанию).
- Данная страничка должна быть оформлена в том же стиле, что и другие странички вашего сайта.
Продублируйте название странички на самой странице как заголовок верхнего уровня (<H1>).
Напишите абзац текста, кратко описывающий выданный вам вирус.
- Можете пользоваться Википедией или другими научными сайтами, а также статьями (см. ниже указание, как искать статьи по вашему вирусу). Например, укажите, какой организм поражает вирус, какое заболевание он вызывает (можно сопроводить это картинками), строение вирусной частицы (если известно), механизм заражения (если известен).
ОЧЕНЬ ВАЖНО: Для всех приведенных фактов указывайте ссылки на источники, из которых Вы получили эту информацию. На интернет-страничках принято оформлять их как гиперссылки (тэг <A>), а в конце странички приводить список использованных источников (см. ниже пример)
Когда будете искать информацию о вирусе, обратите особое внимание на количество вирусных белков. Попробуйте сопоставить информацию из научных источников с тем, что вы видите непосредственно в геноме вируса (цифры из двух последних строк таблицы 1, см. ниже).
Заполните таблицу 1 на этой же странице и вставьте ссылку на нее из своего основного текста, как указано в примере оформления (см. ниже).
Вставьте на эту же страницу последовательность одного белка (самого короткого, какой найдете в геноме своего вируса) в FASTA-формате.
Последовательность должна быть оформлена с помощью тэга <PRE> на чуть отличающемся фоне (например, в таблице из одной ячейки) и содержать по 60 аминокислотных остатков в строке (это является часто используемой в биоинформатических ресурсах длиной).
Название последовательности должно совпадать со значением поля protein_id в описании белка в геномном файле.
Описание последовательности можете взять из поля product в описании белка.
- Последовательность не должна содержать никаких символов, кроме аминокислотных остатков (в том числе пробелов).
Таблица 1. Основные параметры генома вируса <...>.
Параметр |
Значение |
Английское (или латинское) название вируса |
... |
Русское название вируса |
... |
Количество фрагментов в полном геноме |
... |
Общая длина генома (п.н.) |
... |
Количество кодируемых в геноме полипептидов |
.. |
Количество "зрелых" вирусных белков |
.. |
Указания
Количество фрагментов в полном геноме – это число файлов '.gbk' в папке с геномом вашего вируса.
- Чтобы найти научные статьи по своему вирусу, откройте Google Scholar (внимание: не просто гугл!) и введите латинское или английское название своего вируса.
Кодируемые в геноме полипептиды обычно описываются свойством CDS (Coding DNA Sequence). Иногда вирусы содержат ген так называемого полипротеина, очень длинного белка, который в ходе трансляции или после нее подвергается созреванию (maturation), в ходе которого он разрезается на отдельные функциональные вирусные белки, которые можно условно назвать "зрелыми". Это может быть отражено в геномной записи вируса с помощью свойства mat_peptide.
Пример оформления абзаца отчета, ссылки на таблицу и на внешние ресурсы
Чужой (вид Alien horribilis, штамм AY6785) принадлежит к группе инопланетных организмов с биохимическими и генетическими особенностями, на основании которых утверждается его эволюционная независимость от человека [1]. В таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие вид Alien horribilis [2].
Таблица 1. То-то и то-то
... ...
Источники:
[1] Dibrova D.V., Alien metabolism and food preferences during breeding, Alien Nature, 15:113-117, 2513.
[2] Классификация Чужого, энциклопедический справочник. М.:Просвещение, 2511.