Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Контрольная 2, вариант b

Часть 1

Написать две функции.

  1. Принимает единственный аргумент – строку. Возвращает True, если строка является строкой файла в формате GenBank, описывающей CDS (то есть содержащей в нужных позициях буквы CDS, все позиции до этих и определённое количесвто после этих – пробелы); в противном случае возвращает False. Указание: номера позиций определите по какому-нибудь файлу в GenBank формате, например, с геномом вируса или бактерии из блока 2.

  2. Принимает строку (подразумевая, что это строка CDS), возвращает кортеж из двух чисел: начало CDS и конец CDS (слово complement игнорируем).

Часть 2

Написать программу, которая принимает в качестве единственного аргумента командной строки имя файла. На консоль печатается число CDS, описанных в нём в GenBank формате, вместе с объяснением, что это такое. Если в файле описано более одной CDS, создаётся файл cds.txt, содержащий таблицу из начал и концов, через табулятор, со строкой заголовков. Программа должна вызывать функции части 1.

Файл с программой назвать cw2b.py и положить в директорию H:\term1\block3\test2, туда же модуль с функциями.