Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Билет включает по одному вопросу из каждой темы. Вопросы 1.1 и 1.2 обязательны для всех.

Вопросы

Тема 1: аминокислоты

  1. Привести однобуквенные обозначения пяти аминокислотных остатков, указанных преподавателем
  2. Привести три примера групп аминокислотных остатков, сходных по физико-химическим свойствам И имеющих положительные веса в матрице BLOSUM62
  3. Логарифм отношения правдоподобия. Объясните на примере "веса дружелюбности" в зрительном зале или матрицы BLOSUM62

Тема 2: биологический смысл выравнивания

  1. Объясните каким образом правильное выравнивание описывает эволюцию
  2. В чем разница между биологическим (правильным) выравниванием и оптимальным выравниванием, строящимся с помощью алгоритма?
  3. Что такое блок (блок достоверного выравнивания) во множественном выравнивании и как его найти? Основные условия на блок. Какой биологический смысл в блоке?
  4. Сравнение двух выравниваний одних и тех же последовательностей: что значит, что выравнивания в данной позиции совпадают? не совпадают? Приведите примеры.

Тема 3: Алгоритм парного выравнивания

  1. Объясните, как вычисляется вес парного выравнивания
  2. Объясните термины: длина выравнивания, позиция, гэп, индель
  3. Объясните, что такое линейные и аффинные штрафы за индели. Какие штрафы предпочтительнее использовать с биологической точки зрения и почему
  4. Объясните граф "Манхэттен с Бродвеями" и как он связан с парным выравниванием
  5. Объясните алгоритм динамического программирования на примере оптимального пути через Манхэттен или парного выравнивания
  6. Что такое концевые гэпы? Как и зачем их ставят нулевыми?

Тема 4: BLAST

  1. Продемонстрируйте результаты работы программы BLAST для вашего белка. Покажите проверяющему страницу с параметрами BLAST и страницу с результатом
  2. Объясните E-value на примере попугаев или находок BLAST. Назовите авторов статьи, в которой предложена и доказана формула для вычисления E-value в BLAST
  3. Объясните проверяющему одно из ниже следующих
    • использованные параметры и их смысл
    • Графическое изображение результатов, таблицу находок и смысл всех параметров находок
    • Одно из выравниваний и все параметры, указанные в нем
    • Объясните возможности скачивания результатов BLAST
    • Объясните, что такое bit-score и чем он лучше обычного?

Тема 5: Множественное выравнивание

  1. Объясните, что такое эвристический алгоритм и в чем его отличие от точного. Назовите три программы.
  2. Объясните разницу между иерархическим алгоритмом выравнивания и блочным.
  3. Назовите основные этапы иерархического выравнивания и объясните идеи алгоритмов на каждом этапе.
  4. Объясните, что такое домен и доменная архитектура. Что является единицей хранения в БД Pfam?

Тема 6: Приблизительные расчеты

  1. Сравните число операций (и процессорное время) на этапе построении направляющего дерева и на этапе собственно построения множественного выравнивания
  2. Оцените число последовательностей, отбираемых для выравнивания программой BLAST, при длине слова W = 6, для отбора последовательности нужно два слова на одной диагонали с расстоянием между ними не более A = 20. Банк Uniprot содержит около 100 млн последовательностей, средняя длина 340 а.к.о.

Термины: