2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Коллоквиум по Uniprot, Linux, EMBOSS
Примерные вопросы и задания
Uniprot
- Перечислите этапы появления новой записи в неаннотированной части банка Uniprot
- В аннотациях записей из неаннотированной части банка Uniprot часто приведено название белка. Объясните, откуда берётся это название.
- В какое поле записи Uniprot следует поместить информацию о дисульфидной связи в белке? (Поле –- то, что кодируется двумя буквами в колонках 1 и 2)
- Вам известен идентификатор и код доступа белка в Uniprot. По какому из них надежнее искать запись в Uniprot и почему?
Linux
- Перейдите в заданную директорию
- Создайте новую директорию
- Создайте в текущей директории копию заданного файла
- Просмотрите содержимое файла (в окне Putty)
- Сколько байтов и сколько строк в файле?
- Выведите список файлов заданной директории, упорядоченных по времени создания
- Вызовите подробное описание заданной команды bash/Linux
EMBOSS
- Выведите на консоль информацию о последовательностях, описанных в заданном файле
- то же, но только имя, длину и описание
то же, но с перенаправлением в less
- то же, но с записью в файл вместо перенаправления
- то же, но только о тех, у которых PE=1
- Скопируйте из Uniprot полную запись с заданным ID
- Просмотрите строки этого файла, начинающиеся с “FT”
- Создайте файл с участком последовательности, соответствующим заданной особенности
- Запишите в файл help заданной программы EMBOSS
- Вызовите список программ EMBOSS, имеющих в описаниях заданное ключевое слово