Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Указания к практикуму 9

Переменные

В bash значение пременной задаётся выражением имя=значение (без пробелов!). Значение переменной вызывается символом $ перед именем. Например: 

x=~/term2
echo $x
ls $x
cp $x/temp.txt .

Чтобы отделить имя переменной от последующих символов, используются фигурные скобки, например: 

y=two
echo one${y}three

(так ответ будет "onetwothee", а без фигурных скобок "one", потому что переменной ythree не существует).

Имеется некоторое количество служебных переменных, например HOME, PWD, PATH и PS1. Изменение последней позволяет изменить вид приглашения ввести команду. При задании этой (и других) переменных полезно брать нужное значение в кавычки (лучше одинарные), поскольку многие используемые в ней символы являются спецсимволами bash. Например: 

PS1=\h:\W>

приведёт не к тому результату, который, скорее всего, имелся в виду, правильно будет: 

PS1='\h:\W> '

Полное описание "языка" PS1 читайте в man bash, раздел PROMPTING. Можно и найти этот раздел в Интернете...

Если вы хотите, чтобы значение какой-то переменной не пропадало после выполнения выхода, имеет смысл завести в своей домашней диретории файл .bash_profile (название начинается с точки) и туда поместить строку с определением переменной. Все строки этого файла вполняются как команды bash каждый раз, когда вы вводите свой логин и пароль.

Сценарии

Сценарий (в разговорной речи — "скрипт") — это текстовый файл, содержащий команды bash. Простейший сценарий имеет вид: 

команда1
команда2
команда3
...

Например: 

echo "Hello!"
a=Vasya
echo $a
echo "Hello," $a > new.txt
ls -l
rm new.txt

Сценарии лучше помещать в файлы с расширением sh, например myscript.sh.

Запустить сценарий можно двумя способами: 

bash myscript.sh

или 

chmod +x myscript.sh
./myscript.sh

Здесь команда chmod +x нужна для того, чтобы придать файлу свойство исполняемости, её нужно выполнять только перед самым первым запуском сценария.

Переменные и циклы в сценарии

В сценарии можно задавать переменные так же, как и при обычной работе в bash.

Кроме того, во время исполнения сценария в специальных переменных $1, $2 и т.д. хранятся первый, второй и т.д. аргументы командной строки, введённые пользователем при вызове сценария. Например, если сценарий myscript.sh содержит строку: 

echo "Hello," $1

то при вызове его в таком варианте: 

bash myscript.sh Vasya

появится сообщение "Hello, Vasya"

В сценарии можно использовать циклы. Простейший цикл, по явно заданному списку, пишется так: 

for x in human chick rat mouse
do
  infoseq sw:cyb5_${x} -auto
done

Здесь x — переменная, параметр цикла. Тело цикла заключено между ключевыми словами do и done (при этом отступ, в отличие от python, не обязателен, но желателен для читаемости человеком).

Список для цикла можно задавать несколькими способами, например: 

for x in *.sh
do
   chmod +x $x
done

Здесь вместо *.sh интерпретатор bash подставит список всех файлов текущей директории с расширением .sh, тем самым результатом работы сценария будет придание исполняемости всем таким файлам.

Чтобы запустить цикл по строкам некоторого файла, удобно воспользоваться обратными кавычками. В bash выражение, заключённое в обратные кавычки, выполняется как обычная команда и её результат (stdout) подставляется вместо всего выражения. Например, в результате выполнения команды 

x=`grep -c bigfile.txt`

в переменную x будет записано число строк в файле "bigfile.txt". В сценарии же можно удобно превратить слова файла в список таким образом: 

for x in `cat list.txt`
do
  echo $x
done

Такми образом, если вам нужно проделать одну и ту же операцию для некоторого заранее заданного списка значений, можно записать эти значения в файл (через пробел или же по одному в строке, это неважно) и написать цикл вышеприведённого вида.