Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2015

• ...

В отчёте на сайте должно быть

• Cсылка на проект JalView с выравниванием из задания 1 и двумя выравниваниями из 2: построенном программой и исправленном вручную.

• Рис. с выравниванием из 1. Если не сумеете показать все выравнивание в окне с бегунком, то можно ограничиться фрагментом, помещающимся на странице и содержащем нужные разметки.
• Комментарии о консервативности белков с указанием нужных чисел; о том, в чем состоит сходство остатков в трех позициях, помеченных (F)
• Рис с исправленным выравниванием из 2. и комментариями. Для первых 10-и позиций с мутациями укажите на каком этапе эволюции произошла мутация (Напр. так: поз. 27, замена глицина на триптофан от p2 к p3). Для двух ручных исправлений объясните в чем они состояли и почему надо было исправить выравнивание.
• Ссылка на bash-скрипт для задания 2.

Задания

1. Освойте основные возможности JalView.

   1. Постройте выравнивание 6 последовательностей гомологичных белков.

      • Выберите по два белка семейства HSP70 из эукариот, архей, бактерий. См. также подсказки

   2. Раскрасьте по схеме ClustalX с условием Identity Threshold = 100%.
   3. Рассчитайте параметры консервативности: длину выравнивания, число и процент абсолютно консервативных позиций, число и процент абсолютно функционально консервативных позиций, число и процент позиций с гэпами, число и процент позиций, консервативных на 70% или более
   4. Разметьте по три примера разных типов консервативности: консервативных на 80% или более (C), абсолютно функционально консервативных (F), позиций с гэпами (G)
2. Совершенно небывалая эволюция последовательности белка:

гипермутабельность (жесткая радиация!!!), нет отбора (потерял функцию!!! ), но нонсенс мутаций не бывает! Получается, что белок нужен, но его последовательность совершенно неважна.

• Постройте выравнивание, отражающее такую эволюцию белка.
• Предок - фрагмент последовательности вашего белка длиной 100 а.к.о.
• За единицу времени (100 лет) в последовательности происходит семь точечных мутаций

• Наблюдается 7 поколений предка: p > p1 > p2 > ... > p7

Порядок действий см. в подсказках

Дополнительные задания

3. (*) Эксперимент как в задании 2, но в этот раз мутациям подвергаете нуклеотидную последовательность гена белка, а смотрите на эволюцию последовательностей белков.

Раздобудьте CDS какого-нибудь белка, лучше небольшого. Используйте ту же команду msbar. Для трансляции в EMBOSS есть команда transeq

• 4.#4(*) Приведите контрпримеры к одному или нескольким утверждениям из лекции, раздел Take home messages. Они должны быть конкретными и понятными.