2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2015Материалы
Последовательность своего белка из первого семестра для 1.. В случае недостаточного числа находок BLAST или отсутствия находок c большим E-value может быть заменена на другую, по вашему выбору
Пара гомологичных последовательностей с разной доменной организацией для 2.
Что проверяется
- Запуск BLAST и интерпретация находок
- Сохранение результатов в разных видах
- Осознанное изменение параметров BLAST
- Как установить гомологичность слабосходной последовательности с помощью множественного выравнивания
- Нахождение блоков достоверного выравнивания в множественном выравнивании
- Интерпретация карты локального сходства на не очевидных примерах
Что должно быть на сайте
По заданию 1
- Список из 10 белков в формате:
- ID/AC
- Название белка
- Coverage
- Identity %
- E-value
- Отметка: гомологичен вашему белку или нет
- Рис. Множественное выравнивание 10 белков или фрагмент его иллюстрирующий блоки, позволяющие сделать вывовод о гомологичности.
Ссылка на JalView проект с выравниванием
- Текст с объяснением.
По заданию 2
- Названия и идентификаторы двух использованных последовательностей
- Фраза о том, как вы их выбрали
- Карта локального сходства из BLAST two sequences с разметкой участков двух последовательностей
- Порог E-value, длина слова, выбранные вами.
- Описание выявленных событий
- в виде последовательностей участков с обозначениями гомологичных одно буквой и
- фразами о том, что выявлено
- Произвольные комментарии
Успехов!
Задание 1. Проверьте гомологичность белков, найденных поиском по сходству
Что должно быть в выборке
- В выравнивание должна входить ваша последовательность и еще 9 находок.
Должны быть представлены находки с маленьким E-value (ориентировочно, меньше 1.0E-5) и две с большим E-value (одна с E>0.001, другая - с E>1).
Ваша задача: обосновать гомологичность или не гомологичность (точнее, отсутствие данных за гомологичность) всех находок входной последовательности, см. подсказки .
Для начала найдите все последовательности из SwissProt, сходные с последовательностью вашего белка с порогом E-value = 10, WordSize = 6
См. в подсказках возможные действия в случае затруднений
Задание 2. Опишите крупные перестройки между парой белков, имеющих гомологичные участки (домены)
Как выбрать пару белков. См. подсказки
- Используйте карту локального сходства, которую строит BLASTp в варианте align two sequences.
- Измените длину слова на 2, т.к. время работы не критично для выравнивания двух последовательностей
- Значительно уменьшите порог E-value. Например, E-value = 1.0E-5. Это помогает убрать мусор - случайные совпадения - с карты сходства.
- Найдите и опишите крупные перестройки, а именно: индели, дупликации, престановки (транслокации) участков (например, в одной последовательнсти AB, в другой - BA, где A и B - крупные участки). Также отметьте участки гомологии - диагонали, и отсутствия гомологии
Under construction