Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

1. Сравнить два множественных выравнивания тех же последовательностей

Такое же задание было раньше.

Повторю. Для примера возьмем аланин 27 из первой последовательности и сравним колонки, содержащие Ala27, из двух выравниваний. Выравнивания в этих колонках совпадают если все остальные остатки в этих колонках совпадают. Совпадают - значит это лично те же остатки, стем же номером в последовательности, а не просто буквы такие же! Пример: 

Последовательности    ...GATA... (номера 26-29), ...ATTA... (40-43), ...AGAT...(11-14)
(1) -GATA   (2) -GATA   (3) -G-ATA 
    ATT-A       -ATTA       -ATT-A
    AGAT-       AGAT-       AG-AT-
  
У выравниваний (1) и (2) совпадают пятые колонки; третьи не совпадают, т.к. не то T стоит во второй колонке! 

У выравниваний (1) и (3) совпадают третья колонка (1) с четвертой колонкой (3), четвертая колонка (1) совпадает с пятой колонкой (3) и пятая колонка (1) совпадает с шестой колонкой (3).

Дело в том, колонка выравнивания - гипотеза о гомологичности аминокислотных остатков. Она может быть верна или не верна; судить экспертам, вам.

Задание 2. Примеры доменных архитектур

На странице Pfam есть поиск по идентификатору последовательности или PDB коду(jump to), по самой последовательности с помощью BLAST, по ключевым словам, по AC или ID домена Pfam (jump to). С помощью Browse можно просмотреть полный список доменов по алфавиту.

Со страницы домена по ссылке architectures получите список доменных архитектур, каждая представлена одной последовательностью. Один прямоугольник с закругленными углами - один домен в последовательности. Если край збчатый, то домен в последовательности не полный.

В протоколе приведите картинку, названия доменов и число последовательностей с этой доменной архитектурой.