Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

1. Сравнить два множественных выравнивания тех же последовательностей

Такое же задание было раньше.

Повторю. Для примера возьмем аланин 27 из первой последовательности и сравним колонки, содержащие Ala27, из двух выравниваний. Выравнивания в этих колонках совпадают если все остальные остатки в этих колонках совпадают. Совпадают - значит это лично те же остатки, стем же номером в последовательности, а не просто буквы такие же! Пример: 

Последовательности    ...GATA... (номера 26-29), ...ATTA... (40-43), ...AGAT...(11-14)
(1) -GATA   (2) -GATA   (3) -G-ATA 
    ATT-A       -ATTA       -ATT-A
    AGAT-       AGAT-       AG-AT-
  
У выравниваний (1) и (2) совпадают пятые колонки; третьи не совпадают, т.к. не то T стоит во второй колонке! 

У выравниваний (1) и (3) совпадают третья колонка (1) с четвертой колонкой (3), четвертая колонка (1) совпадает с пятой колонкой (3) и пятая колонка (1) совпадает с шестой колонкой (3).

Дело в том, колонка выравнивания - гипотеза о гомологичности аминокислотных остатков. Она может быть верна или не верна; судить экспертам, вам.

Задание 2. Примеры доменных архитектур

На странице Pfam есть поиск по идентификатору последовательности или PDB коду(jump to), по самой последовательности с помощью BLAST, по ключевым словам, по AC или ID домена Pfam (jump to). С помощью Browse можно просмотреть полный список доменов по алфавиту.

Со страницы домена по ссылке architectures получите список доменных архитектур, каждая представлена одной последовательностью. Один прямоугольник с закругленными углами - один домен в последовательности. Если край збчатый, то домен в последовательности не полный.

В протоколе приведите картинку, названия доменов и число последовательностей с этой доменной архитектурой.