2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2015
1. Сравнить два множественных выравнивания тех же последовательностей
Такое же задание было раньше.
Повторю. Для примера возьмем аланин 27 из первой последовательности и сравним колонки, содержащие Ala27, из двух выравниваний. Выравнивания в этих колонках совпадают если все остальные остатки в этих колонках совпадают. Совпадают - значит это лично те же остатки, стем же номером в последовательности, а не просто буквы такие же! Пример:
Последовательности ...GATA... (номера 26-29), ...ATTA... (40-43), ...AGAT...(11-14)
(1) -GATA (2) -GATA (3) -G-ATA
ATT-A -ATTA -ATT-A
AGAT- AGAT- AG-AT-
У выравниваний (1) и (2) совпадают пятые колонки; третьи не совпадают, т.к. не то T стоит во второй колонке!
У выравниваний (1) и (3) совпадают третья колонка (1) с четвертой колонкой (3), четвертая колонка (1) совпадает с пятой колонкой (3) и пятая колонка (1) совпадает с шестой колонкой (3).Дело в том, колонка выравнивания - гипотеза о гомологичности аминокислотных остатков. Она может быть верна или не верна; судить экспертам, вам.
Задание 2. Примеры доменных архитектур
На странице Pfam есть поиск по идентификатору последовательности или PDB коду(jump to), по самой последовательности с помощью BLAST, по ключевым словам, по AC или ID домена Pfam (jump to). С помощью Browse можно просмотреть полный список доменов по алфавиту.
Со страницы домена по ссылке architectures получите список доменных архитектур, каждая представлена одной последовательностью. Один прямоугольник с закругленными углами - один домен в последовательности. Если край збчатый, то домен в последовательности не полный.
В протоколе приведите картинку, названия доменов и число последовательностей с этой доменной архитектурой.