2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 3. Атлас контактов
Исследовательский мини-проект, направленный на изучение контактов биомолекул в составе крупных комплексов. В качестве комплексов для изучения можно рассмотреть, например, фрагменты рибосомы, комплексы ВИЧ-интегразы, комплексы биомолекул с антителами.
Для облегчения поиска воспользуйтесь возможностями Advanced Search на сайте PDB
Этапы работы:
1. Сегодня (21.02.17) до 23:59 разбиться на группы по 2-3 человека и записаться в табличку.
2. Завтра (22.02.17) до 23:59 вписать в ту же табличку ссылку на страницу, на которой будет размещен отчет о вашей деятельности. (Отчет можно разместить только у одного участника команды, но остальные должны поставить ссылку на своих учебных страницах)
3. До следующего занятия (28.02.17) наполнить свою страницу контентом.
Формат отчета:
html страница (наличие двух (Ru/En) и более языковых вариантов будет плюсом) с текстовым содержимым и графическими иллюстрациями, полученными при помощи jmol.
Страница с описанием контактов должна содержать следующую информацию:
Введение:
- Описание выбранного комплекса биомолекул (его функциольная роль, PDB ID, Uniprot ID отдельных биомолекул и любая уместная информация).
- Со ссылками на литературу
- Описание низкомоллекулярных лигандов (особенно функциональных) в составе комплекса
- Изображение в шариково-стержневой модели с подписанными именами тяжелых атомов + jmol-апплет с соответствующей моделью
В качестве образца описания низкомоллекулярных лигандов можно рассматривать страницы с Википедии. Образец, но не копипасту!
Информация о физико-химических свойствах:
- Название по IUPAC
- Химическая формула
- Брутто-формула
- Молярная масса
Ссылку на идентификатор в базе данных PubChem
Информация о белок-белковых контактах:
Внимательно изучите структуру выбранного вами комплекса и попытайтесь самостоятельно определить ключевые точки межмоллекулярных контактов.
Интересующие нас типы контактов:
- Ковалентные связи
- Водородные связи
Чтобы в PDB файле присутствовали протоны, надо искать структуры с разрешением < 1.2A. Если не получается найти структуры протонированных форм, обсудите вероятность образования данного контакта в зависимости от pKa вовлеченных аминокислот.
- Солевые мостики
- Гидрофобные ядра (для валидации используйте сервис CRUD)
Для поиска контактов разумно включить голову и ключевое слово within
Для отображение используйте JMOL-апплет со скриптом:
- который последовательно показывает все перечисленные контакты
- показывает имена тяжелых атомов аминокислот, вовлеченных во взаимодейтсвие
- при помощи команды "echo" выводит строку, содержащую:
- тип контакта
- номера и трехбуквенные коды аминокислот, вовлеченных во взаимодейсвтие.
- Апплет также должен иметь кнопки "Запустить скрипт" и "Сохранить изображение".
- Ссылка на скрипт должна быть размещена на странице отчета.
- Там, где это разумно (например для водородных связей), необходимо отобразить геометрические параметры контактов.
В тексте отчета должна быть кратко описана процедура поиска контактов (какой бы они ни была) и соображения (в свободной форме) о функциональной роли данного контакта. Если вам удастся найти описание выбранного контакта в литературе, то будет просто замечательно.
Информация о нк-белковых контактах:
Если в выбранное структуре присутствуют нуклеиновые кислоты, то все аналогично. Достаточно 1-2 примеров.
Информация о лиганд-биомолекулярных контактах:
Если в выбранное структуре присутствуют низкомоллекулярные лиганды, то все аналогично. Обратите внимание, что контакты могут быть не только с белком, но и с нуклеиновой кислотой.
Хотелось бы, конечно, увидеть хотя бы по одному примеру для каждого контакта, но минимум - по 2 контакта на каждого члена команды.
Личный вклад
В конце отчета добавьте раздел с описанием личного вклада участников. В качестве образца можете взглянуть на пример из Science
Author contributions: IF and SNE conceived the study. The initial dual choice assay was designed by SNE, IF, and RM; and performed by SNE and RM. RI, SRH designed, and SNE performed the two-choice olfactometer assay. RM, A-K B-K and GB designed, performed the GC-MS and analyzed the results. GB also designed the SPME collection of volatiles and designed the release of volatiles for bioassay. RM, PL and SNE designed and performed the respirometry experiments. SNE designed, and SNE and SH performed the mosquito fitness study. SNE performed parasite culturing, mosquito infections as well as the feeding proportion study and the statistical analyses. BL designed the temporal transcriptome study and prepared RNA for Illumina sequencing. SNE, BL, and SRH performed bioinformatics analyses of the sequencing data. BL performed the mosquito total protein assay. BL, SNE constructed figures and tables. IF, SNE and SH designed and SH created the artwork. IF, BL, RI, SRH and SNE wrote the manuscript. All authors proofread and commented on the final draft of the manuscript. The authors declare no competing financial interests.
Ссылки на источники:
Вся использованная литература или ресурсы.