Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Это примеры _типовых_ вопросов

Вопросы к коллоквиуму

Словарик

Тяжелый атом - любой атом, кроме водорода

Лиганд - (в коллоквиуме) любая молекула или атом, не являющиеся частью молекулы белка или молекулой воды; модификации остатков, такие как селенометионин (MSE) лигандами не являются

HETATM - hetero atom - в PDB файлах обозначение строчек с атомами, не принадлежащими ни белку, ни ДНК, ни РНК

Тема 1. Аминокислотные остатки

  1. Если КР по названиям аминокислотных остатков не засчитана, то написать эту контрольную. Если засчитана, то преподаватель предложит наименования трех аминокислот, а вы сообщите два других наименования каждой; под наименованием понимается либо полное название на русском, либо трехбуквенный код, либо однобуквенный код
  2. Сообщить названия всех атомов двух аминокислотных остатков из задания практикума 3; не забудьте про атомы остова!
  3. Сообщить какие тяжелые атомы этих двух остатков могут образовывать водородные связи, могут ли они быть донором,акцептором протона или и то и другое в зависимости от окружения
  4. Продемонстрировать гидрофобное взаимодействие в структуре любого белка. Объяснить какие атомы белка могут участвовать в гидрофобном взаимодействии, природу этого взаимодействия
  5. Изобразить на листочке структурную формулу дипептида (трипептида?) с указанной преподавателем последовательностью

Тема 2. Взаимодействия в белке

  1. Показать и объяснить по два примера взаимодействий двух остатков из задания практикума 3
  2. В данной структуре белка найти и показать солевой мостик
  3. В данной структуре показать водородную связь между боковыми цепями остатков, не являющуюся солевым мостиком
  4. В данной структуре показать водородные связи, поддерживающие одну альфа-спираль.
  5. Ответить на вопрос об альфа-спирали: с каким остатком обычно связан водородной связью кислород из остатка с номером i?
  6. В данной структуре показать водородные связи, поддерживающие один бета-лист.
  7. Укажите типичное расстояние между донором и акцептором протона в водородной связи между остовными атомами.
  8. ....

Тема 3. Владение `Jmol`

Выполнение задания при подготовке к коллоквиуму не запрещено. На коллоквиуме придется повторить.

  1. Найдите лиганд в pdb-файле со структурой своего белка. Покажите строчки файла с координатами лиганда. Сообщите как он называется в PDB файле; к какой цепочке приписан; номер "остатка" для лиганда.
  2. Создайте изображение лиганда в проволочной и шариковой модели с раскраской по типам атомов
  3. Напишите и выполните команду, которая выделяет ТОЛЬКО атомы белка на расстоянии 5 ангстрем от лиганда. Сообщите сколько таких атомов.
  4. Изобразите выделенные атомы шариками размера больше, чем у лиганда. Раскрасьте по типам атомов.
  5. Добавьте к изображению молекулы воды, входящие в 5-и ангстремную окрестность лиганда. Покрасьте их оттенком красного, отличного от стандартного красного для кислородов.
  6. Найдите атом белка, ближайший к лиганду, и сообщите расстояние от него до лиганда.
  7. (*) Выделите целиком остатки, атомы которых вошли в 5-и ангстремную окрестность лиганда. Изобразите выделение в проволочной модели.